Ustawą z dnia 16 listopada 2000r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. z 2000r. Nr 117, poz. 1228) zmienione zostały zasady dotyczące zwolnień podatkowych dla podmiotów podejmujących działalność gospodarczą w specjalnych strefach ekonomicznych. Zarazem zmianie uległy rozporządzenia wykonawcze do tej ustawy, szczegółowo określające zasady prowadzenia działalności w każdej z poszczególnych stref i zasady przyznawania zwolnień podatkowych. Istota tych zmian polega na tym, że istniejące wcześniej prawo do całkowitego zwolnienia podatników od podatku dochodowego zostało zmienione i dostosowane do przepisów ustawy z dnia 27 lipca 2002r. o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej dla przedsiębiorców (Dz. U. z 2002r. Nr 141, poz. 1177 ze zm.)

Pomoc publiczna udzielana podatnikom działającym w specjalnych strefach ekonomicznych w postaci zwolnienia od podatku, przyjmuje formę pomocy regionalnej, która udzielana jest w celu wspierania nowych inwestycji lub tworzenia nowych miejsc pracy związanych z daną inwestycją. Zwolnienie to przysługuje począwszy od miesiąca, w którym przedsiębiorca poniósł wydatki inwestycyjne (koszty pracy), aż do wyczerpania regionalnej pomocy inwestycyjnej (regionalnej pomocy na zatrudnienie), pod warunkiem nieprzeniesienia własności składników majątku, z którymi były związane wydatki inwestycyjne – przez okres 5 lat od dnia ich wprowadzenia do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (utrzymania nowo utworzonych miejsc pracy przez okres 5 lat). Wielkość tej pomocy stanowi bazę do ustalenia wielkości dochodu podlegającego zwolnieniu. Zwolnienie podatkowe, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z dnia 15 lutego 1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2000r. Nr 54, poz. 654 ze zm.) , z zastrzeżeniem art. 17 ust. 4-6 ww. ustawy, przysługuje podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia z art. 16 ust. 1 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych, a nie z tytułu wszystkich uzyskiwanych dochodów z działalności.

Zatem w przypadku prowadzenia działalności gospodarczej również poza SSE zwolnienie podatkowe określa się w oparciu o dane jednostki działającej na terenie SSE, jeżeli jest wyodrębniona organizacyjnie – uwzględniając odpowiednie stosowanie reguł szacunkowego ustalania dochodu w odniesieniu do podmiotów powiązanych (art. 11 ww. ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych).

Na uwagę zasługuje fakt, iż w przypadku kiedy przedsiębiorca prowadzący działalność gospodarczą na terenie strefy, podejmuje prowadzenie działalności gospodarczej również poza strefą, samo “organizacyjne“ wyodrębnienie takiej działalności prowadzonej w strefie nie wystarczy, gdyż w celu określenia przychodów, kosztów, dochodów podlegających zwolnieniu na podstawie ustawy z dnia 20 października 1994r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z1994r. Nr 123, poz. 600 ze zm.) i rozporządzenia wykonawczego do tej ustawy (tu: rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 09 września 1997r. w sprawie ustanowienia Specjalnej Strefy Ekonomicznej “STARACHOWICE” (Dz.U. z 1997r. Nr 135, poz. 906 ze zm.), istnieje konieczność odrębnego ich ujmowania w stosunku do przychodów, kosztów i dochodów uzyskanych w działalności prowadzonej przez podatnika poza strefą. Zatem w takim przypadku podatnik zobowiązany jest przy określeniu swojego dochodu podlegającego opodatkowaniu, poniesione koszty uzyskania przychodów, które dotyczą zarówno działalności prowadzonej w strefie jek i poza strefą (np. koszty ogólne zarządu), statystycznie przypisać do obu tych źródeł przychodów. Konieczność ta wynika z treści art. 15 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, zgodnie z którym jeżeli podatnik ponosi koszty uzyskania przychodów ze źródeł, z których dochód podlega opodatkowaniu oraz koszty związane z przychodami z innych źródeł, a nie jest możliwe ustalenie kosztów uzyskania przypadających na poszczególne źródła, koszty te ustala się w takim stosunku, w jakim pozostają przychody z tych źródeł w ogólnej kwocie przychodów. Zasadę, o której mowa w ust. 2, stosuje się również w przypadku, gdy podatnik ponosi koszty uzyskania przychodów ze źródeł, z których część dochodów nie podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych albo jest zwolniona z tego opodatkowania; w takim przypadku przepis art. 7 ust. 3 pkt 3 stosuje się odpowiednio (art. 15 ust. 2a ustawy podatkowej). Przy ustalaniu przychodów i kosztów podatnika prowadzącego działalność w strefie i poza strefą istotna jest również treść § 5 ust. 4 ww. rozporządzenia z 9 września 1997r. Zgodnie z tym przepisem, przy ustalaniu wielkości zwolnienia od podatku, przysługującego przedsiębiorcy prowadzącemu działalność w strefie za pośrednictwem jednostki organizacyjnej, o której mowa w ust. 3, przepisy art. 11 o podatku dochodowym od osób prawnych stosuje się odpowiednio. Przepis ten oznacza, że mimo iż zawarte w ustawach o podatku dochodowym od osób prawnych przepisy o tzw. “cenach transferowych” i prawie organów podatkowych do szacowania na ich podstawie dochodu podatnika, generalnie dotyczą warunków transakcji zawieranych przez różne podmioty wzajemnie ze sobą powiązane, to zasady te mogą być zastosowane również w stosunku do "Wewnętrznych rozliczeń" podatnika, prowadzącego na podstawie zezwolenia działalność w specjalnej strefie ekonomicznej, jeżeli zarazem prowadzi on działalność poza strefą i jeżeli w ramach działalności “przekazuje” towary lub usługi wytworzone w strefie na rzecz działalności prowadzonej poza strefą lub odwrotnie - jeżeli towary lub usługi wytworzone poza strefą przekazuje na rzecz działalności prowadzonej w strefie. W takich przypadkach, aby określić zakres i wielkość zwolnienia od podatku dochodowego, podatnik powinien określić wartość tych wewnętrznie przekazywanych towarów lub usług, według tych samych zasad, jakie stosuje wobec innych pomiotów z nimi niepowiązanych. Tak określona wartość wspomnianych towarów lub usług będzie bowiem podstawą do określenia wielkości uzyskanych przychodów "w strefie" i "poza strefą", jak i kosztów poniesionych "w strefie" i "poza strefą".

Mając powyższe na uwadze, konieczne jest prowadzenie ksiąg podatkowych w taki sposób, aby możliwe było precyzyjne rozdzielenie przychodów i kosztów uzyskania przychodów związanych z działalnością prowadzoną w strefie oraz działalnością prowadzoną poza terenem strefy.