Należy zwrócić uwagę, iż w przypadku zapytania podatnika będziemy mieli do czynienia z dwoma rożnymi przypadkami. Wszystko zależy od statusu prawnego spółdzielcy. Rozróżnić należy dwie kwestie. Spółdzielców, którym dopiero spółdzielnia buduje lub wybudowała lokale mieszkalne i tych, którzy są członkiem spółdzielni i nabyli już określone prawa.
W drugim przypadku, gdy osoba jest członkiem spółdzielni i ma spółdzielcze lokatorskie prawo do lokalu mieszkalnego, to stosownie do tego prawa spółdzielca może zwrócić się do syndyka o przekształcenie przysługującego prawa na spółdzielcze własnościowe prawo do lokalu.
Syndyk masy upadłości zwrócił się z pytaniem, które dotyczy pierwszej kwestii, czyli członek spółdzielni nie nabył prawa do lokalu mieszkalnego. W takim przypadku stwierdza się co następuje :

Ad. 1 ) Zdaniem syndyka masy upadłości zastosowanie będzie miał przepis art. 69 Rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. nr 27 poz. 268 z późn. zm.). Syndyk stoi na stanowisku, iż zaliczenie na poczet wierzytelności wobec spółdzielni z tytułu wpłat dokonanych przed 01 stycznia 2002 r. w wysokości określonej w planie podziału masy upadłości, będzie opodatkowane stawką 0 %. Nadwyżka tej kwoty będzie opodatkowana 7 % stawką podatku.

Naczelnik Urzędu Skarbowego Warszawa Wola stwierdza, iż zgodnie z § 69 rozporządzenia Ministerstwa Finansów z dnia 22.03.2002 r. obniżoną do wysokości 0 % stawkę podatku stosuje się dla tych zaliczek, które zostały zapłacone przez nabywcę lokalu do końca 2001r., w sytuacji gdy łączna wysokość zaliczek uiszczona przez niego do tego czasu nie przekroczyła połowy ustalonej ceny tego lokalu. Uregulowanie to wprowadzono z uwagi na to, że zaliczki, które w tym czasie zostały zapłacone, a przekroczyły połowę ceny lokalu, na podstawie art. 6 ust. 8 ustawy o podatku od towarów i usług zostały już opodatkowane według stawki 0 %, gdyż zaistniał w stosunku do nich obowiązek podatkowy. Natomiast w przypadku zaliczek, które nie przekroczyły wielkości połowy ceny, a zostały zapłacone jeszcze w 2001 r., nie powstał obowiązek podatkowy w zakresie opodatkowania ich stawką 0 %, co bez tej regulacji powodowałoby konieczność opodatkowania ich stawką obowiązującą w momencie przekroczenia połowy ceny, tzn. 7 %. Wynika z tego, że od 01.01.2002 r. stawką 7 % należy opodatkować w każdym przypadku jedynie nadwyżkę ustalonej wartości lokalu ponad uiszczone przez nabywcę zaliczki do końca 2002 r., niezależnie od ich wysokości.

Powyższy przepis nie będzie miał zastosowania w przypadku syndyka z tego względu, iż wszelkie wkłady budowlane dokonane przez członków spółdzielni stają się wierzytelnością i stanowią masę upadłości upadłej spółdzielni. Stanowi o tym przepis art. 20 § 1 Rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 24.10.1934 r. Prawo upadłościowe (Dz. U. z 2001 r. nr 3 poz. 18 – tekst jednolity), który wskazuje, iż na skutek ogłoszenia upadłości upadły traci z samego prawa zarząd oraz możność korzystania i rozporządzania majątkiem, należącym do niego w dniu ogłoszenia upadłości, jako też nabytym w toku postępowania. Majątek ten stanowi masę upadłości.

Ponadto zgodnie z art. 39 Rozporządzenia Prezydenta RP z 24.10.1934 r. Prawo Upadłościowe, po ogłoszeniu upadłości spółdzielni, syndyk odstąpił od wykonania wszelkich umów z nią związanych. Kwoty wpłacone przez członków spółdzielni przekształciły się w wierzytelność wobec spółdzielni, co zostało zgłoszone do masy upadłości. W takim przypadku zastosowanie § 69 Rozporządzenia Ministra Finansów nie ma miejsca.

Ad. 2 i 3 ) Z pisma Syndyka wynika, iż został zorganizowany przetarg na sprzedaż lokali mieszkalnych, które były w posiadaniu spółdzielni. Taki przetarg miał na celu zwolnienie nieruchomości z obciążeń hipotecznych. W związku z powyższym grupa byłych spółdzielców przystępująca do przetargu, będzie zobowiązana do zapłaty 7 % stawki podatku od towarów i usług za cały zakup lokalu mieszkalnego. Jest tak, gdyż nie są oni już członkami spółdzielni. Ich wpłaty przekształciły się w wierzytelność wobec spółdzielni. W takim przypadku były członek spółdzielni przystępuje do przetargu na tych samych warunkach co osoba zakupująca lokal mieszkalny w systemie deweloperskim. Może on jedynie żądać zaspokojenia swoich roszczeń z masy upadłości. Nie przysługują im żadne inne przywileje. Syndyk wystawia fakturę z 7 % stawką podatku od towarów i usług za całość sprzedaży. Następnie sporządzany jest akt notarialny na podstawie wystawionych dokumentów (faktur).

Ad. 4) Syndyk masy upadłościowej zarządza majątkiem upadłego w imieniu i na jego rachunek. W związku z tym przy sprzedaży przez syndyka majątku upadłego, którego obroty zgodnie z art. 14 ustawy o podatku od towarów i usług kwalifikują go do podatników-płatników podatku od towarów i usług, podatek powinien być obliczony i uiszczony do budżetu. Będzie tak dopóki wykonywane są czynności podlegające opodatkowaniu. Nie ma wtedy podstaw do wykreślenia podatnika z rejestru i unieważnienia nadanego numeru identyfikacji podatkowej. Upadły w dalszym ciągu jest podatnikiem tego podatku, z tą różnicą, że czynności wykonuje za niego obowiązkowo syndyk. Sprzedaż masy upadłościowej dokonana jest na jego rachunek i podlega opodatkowaniu.