Zgodnie z art. 14 ust. 2 pkt 2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (j. t. Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 ze zm.), przychodem z działalności gospodarczej są również dotacje, subwencje, dopłaty i inne nieodpłatne świadczenia otrzymane na pokrycie kosztów albo jako zwrot wydatków, z wyjątkiem gdy przychody te są związane z otrzymaniem, zakupem albo wytworzeniem we własnym zakresie środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, od których, zgodnie z art. 22a-22o, dokonuje się odpisów amortyzacyjnych. Otrzymane dotacje stanowią więc co do zasady przychód z działalności gospodarczej podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym za wyjątkiem:
- dotacji związanych z zakupem środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, które w ogóle nie stanowią przychodu z działalności gospodarczej o czym mówi wprost powołany wyżej przepis,
- dotacji zwolnionych z podatku dochodowego na podstawie przepisów art. 21 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

W myśl art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. a) ustawy, wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy. Zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 47c ustawy, wolne od podatku dochodowego są kwoty otrzymane od agencji rządowych, jeżeli agencje te otrzymały środki na ten cel z budżetu państwa.
Konsekwencją zwolnień z podatku dochodowego dotacji, o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. a) i pkt 47c, jest zapis art. 23 ust. 1 pkt 56 ustawy, w myśl którego nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków i kosztów bezpośrednio sfinansowanych z tych dotacji.

Ponieważ wolne od podatku dochodowego dotacje oraz nie stanowiące kosztów uzyskania przychodów wydatki i koszty bezpośrednio nimi sfinansowane nie tworzą podstawy opodatkowania, to nie należy ich ujmować w podatkowej księdze przychodów i rozchodów gdyż księga ta, co wynika z przepisów regulujących sposób jej prowadzenia – rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2003 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów (Dz. U. Nr 152, poz. 1475 ze zm.), służyć ma wyłącznie określeniu zobowiązań podatkowych.
Z treści złożonego zapytania wynika, że w 2003 r. podatnik podpisał z Polską Agencją Rozwoju Przedsiębiorczości z siedzibą w Warszawie umowę o udzielenie dotacji na realizację projektu „Opracowanie i wdrożenie systemu zarządzania jakością zgodnie z normą PN-EN ISO 9001:2000”. Wdrażając system ISO podatnik ponosi koszty, które pokrywane są początkowo z własnych środków, gdyż wolna od podatku dochodowego na podstawie powołanych wyżej przepisów dotacja na pokrycie tych kosztów, wpływa na rachunek bankowy podatnika nawet po półrocznym okresie od dnia poniesienia wydatku. W związku z takim stanem rzeczy podatnik ma wątpliwości, czy poniesione wydatki mogą czasowo, do dnia faktycznego otrzymania dotacji, tj. wpływu środków na rachunek bankowy podatnika, stanowić koszty uzyskania przychodów czego konsekwencją byłoby ujęcie ich w podatkowej księdze przychodów i rozchodów w momencie poniesienia wydatku, a następnie ich wyksięgowanie, w dniu faktycznego otrzymania dotacji.

Ustosunkowując się do kwestii będącej przedmiotem zapytania tut. organ podatkowy biorąc pod uwagę treść przytoczonych wcześniej przepisów nie podziela przedstawionego przez podatnika stanowiska, iż prawidłowe jest zaliczanie w koszty uzyskania przychodów i ewidencjonowanie w podatkowej księdze przychodów i rozchodów wydatków finansowanych z dotacji do czasu wpływu dotacji na rachunek bankowy podatnika. Skoro bowiem ustawodawca zwolnił od opodatkowania określone dochody (przychody) i konsekwentnie zastrzegł, iż wydatki i koszty bezpośrednio nimi sfinansowane nie uważa się za koszty uzyskania przychodów, to oba ww. ściśle ze sobą powiązane elementy pozbawione zostały wpływu na ustalenie podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych. Nie tworząc podstawy opodatkowania, zarówno wolna od podatku dochodowego dotacja, jak i wydatki nią sfinansowane nie powinny być, według tut. organu podatkowego, w żadnym czasie ewidencjonowane w podatkowej księdze przychodów i rozchodów. Zdaniem tut. organu bez znaczenia dla celów podatkowych pozostają więc rozliczenia podatnika z Agencją związane z wypłatą przyznanej dotacji, gdyż sposób i terminy jej wypłaty, jako dotacji wolnej od podatku dochodowego, nie powinny w żadnym razie wpływać na wysokość kosztów uzyskania przychodów, a taka sytuacja miałaby miejsce w przypadku ewidencjonowania przez podatnika ponoszonych, finansowanych z dotacji wydatków w księdze do czasu wpływu środków pieniężnych na rachunek bankowy podatnika.