Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535), w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 tej ustawy, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124. Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika:

- z tytułu nabycia towarów i usług,
- potwierdzających dokonanie przedpłaty (zaliczki, zadatku, raty), jeżeli wiązały się one z powstaniem obowiązku podatkowego,
- od komitenta z tytułu dostawy towarów będącej przedmiotem umowy komisu (art. 86 ust. 2).

Obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się jednak do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego (art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług). Przepis ten nie dotyczy jednak wydatków związanych z nabyciem towarów i usług, o których mowa w art. 87 ust. 3 ustawy o VAT. W przepisie tym mowa jest o towarach i usługach, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji. Zgodnie z art. 22 ust. 8 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. Nr 14, poz. 176 ze zm.), kosztem uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych (odpisy amortyzacyjne) dokonywane wyłącznie zgodnie z art. 22a-22o ustawy o podatku dochodowym. Z kolei, na podstawie art. 22a ust. 1 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, amortyzacji podlegają, stanowiące własność lub współwłasność podatnika, nabyte lub wytworzone we własnym zakresie, kompletne i zdatne do użytku w dniu przyjęcia do używania budowle, budynki oraz lokale będące odrębną własnością, o przewidywanym okresie używania dłuższym niż rok, wykorzystywane przez podatnika na potrzeby związane z prowadzoną przez niego działalnością gospodarczą albo oddane do używania na podstawie umowy najmu, dzierżawy lub umowy określonej w art. 23a pkt 1, zwane środkami trwałymi. Towary i usługi obce nabyte do dnia przekazania środka trwałego do używania, będą powiększały jego wartość początkową. Podatnik będzie więc dokonywał zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów poprzez dokonywanie odpisów amortyzacyjnych.
Tym samym podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego, zapłaconego od nabywanych towarów i usług, od podatku należnego, w części związanej z pomieszczeniami w budowanym przez podatnika budynku, wykorzystywanymi w prowadzonej działalności gospodarczej.