Zgodnie z art. 32 ust.2 ,3,3b ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych ( Dz. U.z 2000r. nr.14 poz.176 ze zm.) za dochód, uważa się m. in. uzyskane w ciągu miesiąca dochody ze stosunku pracy oraz zasiłki pieniężne z ubezpieczenia społecznego wypłacane przez płatnika, po odliczeniu kosztów uzyskania w wysokości określonej w art. 22 ust. 2 pkt 1 lub 3 oraz po odliczeniu potrąconych przez płatnika w danym miesiącu składek na ubezpieczenie społeczne, o których mowa w art. 26 ust. 1 pkt 2 lit. b). Zaliczkę zmniejsza się o kwotę stanowiącą 1/12 kwoty zmniejszającej podatek, określonej w pierwszym przedziale obowiązującej skali podatkowej, jeżeli pracownik przed pierwszą wypłatą wynagrodzenia w roku podatkowym złoży zakładowi pracy oświadczenie według ustalonego wzoru, Zaliczkę obliczoną w sposób określony powyżej zmniejsza się, z zastrzeżeniem art. 27b ust. 1 pkt 2 i ust. 2, o kwotę składki na ubezpieczenie zdrowotne, pobranej w tym miesiącu przez zakład pracy zgodnie z przepisami o powszechnym ubezpieczeniu w Narodowym Funduszu Zdrowia. W opisanej przez Pana sytuacji zaliczki winny być obliczone od całego dochodu pracownicy z danego miesiąca , a więc sumy wypłat za zasiłek chorobowy , wynagrodzenie za czas choroby i wynagrodzenie za czas pracy. Zaliczki te zmniejsza się o składki na ubezpieczenie zdrowotne, naliczone zgodnie z przepisami ustaw regulujących zasady naliczania ubezpieczeń społecznych i zdrowotnych ZUS. W ten sposób naliczone zaliczki na podatek dochodowy , zgodnie z art.31 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych ma obowiązek płatnik przekazać na rachunek właściwego urzędu skarbowego.