Zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535) obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wydania towaru lub wykonania usługi, z zastrzeżeniem ust.2-21, art.14 ust.6, art.20 i art.21 ust.1. Jeżeli dostawa towaru lub wykonanie usługi powinny być potwierdzone fakturą - obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7 dniu, licząc od dnia wydania towaru lub wykonania usługi (art.19 ust.4 ustawy). Jednocześnie stosownie do art. 29 ust. 1 w/w ustawy - podstawą opodatkowania jest obrót, z zastrzeżeniem ust. 2-22, art. 30-32, art.119 oraz art.120 ust.4. Obrotem zaś jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia od nabywcy. Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usług.

W przypadku sprzedaży leków obrotem podlegającym opodatkowaniu jest więc cała kwota należna otrzymana przez sprzedawcę za sprzedany lek tj. kwota, którą płaci klient w momencie zakupu, jak też kwota refundacji (dopłata) do sprzedaży danego leku otrzymana z Narodowego Funduszu Zdrowia. Obowiązek podatkowy powstaje tutaj jednak w dwóch różnych momentach:- w części obejmującej kwoty zapłacone przez nabywcę, obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z powołanym wyżej art. 19 ust. 1 lub ust. 4 ustawy,- w części objętej refundacją z NFZ - zgodnie z art. 19 ust.21 tj. z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika z tytułu otrzymanej dopłaty za sprzedane w danym okresie leki. Przepis ten stanowi bowiem, że obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką z tytułu dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze obowiązek podatkowy powstaje w tej części. W praktyce będzie to zazwyczaj następny miesiąc (okres rozliczeniowy) niż miesiąc, w którym nastąpiło wydanie towaru.

Na kasie rejestrującej należy zatem ewidencjonować całą wartość sprzedaży tj. obejmującą zarówno kwotę otrzymaną od klienta za sprzedany towar (lek), jak też obejmującą wartość należnej refundacji. Zgodnie z art § 4 ust.1 pkt 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 4 lipca 2002r. w sprawie kryteriów i warunków technicznych, którym muszą odpowiadać kasy rejestrujące, oraz warunków stosowania tych kas przez podatników (Dz.U. Nr 108, poz. 948 z późn.zm.) wydany klientowi paragon fiskalny powinien zawierać m.in. ilość i wartość sprzedaży i kwoty podatku wg. poszczególnych stawek, łączną kwotę podatku oraz łączną kwotę należńości, tj. łączną wartość sprzedaży z podatkiem. Ponieważ, jak wskazano wyżej z tytułu tej transakcji (sprzedaży leku) obowiązek podatkowy powstaje w dwóch momentach, na zakończenie okresu rozliczeniowego należy z łącznego fiskalnego raportu okresowego wyłączyć wartość sprzedaży objętej refundacją i odpowiadającą kwocie refundacji wartość podatku, co pozwoli na opodatkowanie tego obrotu zgodnie z zasadą określoną we wskazanym wyżej art.19 ust.21 ustawy o podatku od towarów i usług.