Zgodnie z art. 19 ust. 21 ustawy o podatku od towarów i usług obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką z tytułu dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze obowiązek podatkowy powstaje w tej części. Refundację należy uznać jako dopłatę do leków dokonywaną przez NFZ. Powyższe oznacza, iż obowiązek podatkowy z tytułu refundacji powstaje dopiero w momencie uznania rachunku bankowego podatnika tj. otrzymania przez niego środków finansowych z tytułu refundacji. Podstawą opodatkowania będzie otrzymana kwota refundacji pomniejszona o kwotę podatku należnego. Uzyskana przez aptekę refundacja jest kwotą brutto, tj. kwotą zawierającą należny podatek od towarów i usług. Podatnik jest zobowiązany zatem wyliczyć z tak uzyskanej kwoty refundacji wartość netto i należny podatek od towarów i usług

Podstawę opodatkowania z tytułu sprzedaży towarów stanowi obrót czyli kwota należna (art. 29 ust. 1 ustawy). Jako kwotę należną z tytułu wydania leku (wyrobu medycznego) należy rozumieć cenę jaka została ustalona na dany towar. W świetle przepisów art. 5 ustawy z dnia 5 lipca 2001r. o cenach (Dz. U. Nr 97, poz. 1050, z późn. zm.) na leki i materiały medyczne przepisywane bezpłatnie, za opłatą ryczałtową lub częściową odpłatnością stosuje się ceny urzędowe hurtowe i detaliczne. Ceny ustalonej urzędowo nie obniża się. W świetle przepisów z art. 29 ust. 1 ustawy obrót podlega zmniejszeniu o kwoty udokumentowanych prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów (bonifikat, upustów, uznanych reklamacji i skont) i o wartość zwróconych towarów, zwróconych kwot nienależnych w rozumieniu przepisów o cenach oraz zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, a także kwot wynikających z dokonanych korekt faktur. Sprzedaż dokonywana na rzecz osób fizycznych winna być ewidencjonowana przy zastosowaniu kas rejestrujących. Paragon fiskalny potwierdzający sprzedaż winien zawierać (obligatoryjnie) m.in. cenę jednostkową towaru ( § 4 ust. 1 pkt 6 lit. f rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 4 lipca 2002r. w sprawie kryteriów i warunków technicznych, którym muszą odpowiadać kasy rejestrujące oraz warunków stosowania tych kas przez podatników – (Dz. U. Nr 108, poz.948,z późn. zm.). W związku z tym cena uwidoczniona na paragonie musi być ceną urzędową (w przypadku gdy taka cena została ustalona ). Przepisy zacytowanego rozporządzenia nie przewidują odstępstwa od tej zasady i nie zezwalają na ewidencjonowanie części ceny, bądź na odstąpienie od zaewidencjonowania towaru

Przepisami art. 11 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług został ustanowiony obowiązek ewidencjonowania obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących, w przypadku gdy podatnik dokonuje sprzedaży na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej oraz osób fizycznych prowadzących działalność gospodarczą w formie indywidualnych gospodarstw rolnych.

Reasumując sprzedaż przez apteki leków i wyrobów medycznych wydawanych za częściową odpłatnością lub bezpłatnie uprawnionym osobom na podstawie przepisów szczególnych winna być zaewidencjonowana przy zastosowaniu kas rejestrujących według obowiązujących cen sprzedaży.