Zgodnie z art. 5 ust.1 ustawy z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników (Dz. U. Nr 142, poz. 702 z późn. zm.) podatnicy obowiązani są do dokonania zgłoszenia identyfikacyjnego; zgłoszenia identyfikacyjnego dokonuje się jednokrotnie, bez względu na rodzaj oraz liczbę opłacanych przez podatnika podatków, formę opodatkowania, liczbę oraz rodzaje prowadzonej działalności gospodarczej oraz liczbę prowadzonych przedsiębiorstw.

Zgłoszenie identyfikacyjne podatników nie będących osobami fizycznymi zawiera w szczególności pełną i skróconą nazwę (firmę), formę organizacyjno - prawną, adres siedziby, numer identyfikacyjny REGON, organ rejestrowy lub ewidencyjny i numer nadany przez ten organ, wykaz rachunków bankowych, adres miejsca przechowywania dokumentacji rachunkowej oraz przedmiot wykonywanej działalności określony według obowiązujących standardów klasyfikacyjnych, a ponadto w przypadku zakładów (oddziałów) osób prawnych oraz innych wyodrębnionych jednostek wewnętrznych będących podatnikami – NIP oraz inne dane dotyczące jednostki macierzystej (art. 5 ust.3 pkt 1 wyżej cytowanej ustawy).

Zgodnie z art. 96 ust. 12 ustawy o VAT podatnicy mają obowiązek aktualizowania danych objętych zgłoszeniem identyfikacyjnym przez dokonanie zgłoszenia aktualizacyjnego do właściwego naczelnika urzędu skarbowego.

Oznacza to, że aktualizację danych na drukach: NIP- 2, NIP-2/A należy złożyć w przypadku zmiany danych podatnika lub jego zakładu. Nie wymaga natomiast aktualizacji m. in. zmiana rodzaju i liczby opłacanych przez podatnika podatków.

Od 01.05.2004 r., zgodnie z art. 157 ust.2 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz.535), zakłady (oddziały) osoby prawnej będące dotychczas odrębnymi podatnikami VAT przestały być odrębnymi podatnikami VAT. We wszystkie prawa i obowiązki zakładu (oddziału) przewidziane w przepisach prawa podatkowego wstąpiła osoba prawna, do której należy zakład (art. 160 ust.3 ustawy o VAT). Pomimo, że zakład stracił status odrębnego podatnika VAT z mocy prawa, był zobowiązany do złożenia w Pierwszym Urzędzie Skarbowym, formularza VAT-Z, w celu formalnego wykreślenia z rejestru podatników VAT.

Utrata przez oddział statusu podatnika VAT nie przesądza jednak o jego pozycji jako płatnika zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych. Przepisy o VAT i przepisy o podatku dochodowym stanowią bowiem dwie niezależne dziedziny prawa podatkowego. Należy przy tym zaznaczyć, że oddział nie posiada odrębnej od przedsiębiorcy podmiotowości cywilnoprawnej, zatem jako płatnik zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych, podlega tym samym zasadom, co jego jednostka macierzysta. W przypadku gdy oddział posiada status płatnika, a więc stosunek pracy nawiązuje dyrektor (osoba kierująca) oddziału zaliczki od wynagrodzeń osób fizycznych powinien on odprowadzać do wyspecjalizowanego urzędu skarbowego właściwego według swojej siedziby. W innej sytuacji, a więc jeśli nie wykonuje tych funkcji, zaliczki na podatek dochodowy powinny być odprowadzane do urzędu skarbowego właściwego według siedziby osoby prawnej (centrali). Oddział z racji posiadania statusu płatnika powinien posługiwać się własnym numerem identyfikacji podatkowej.

Z przedstawionego przez Y stanu faktycznego wynika, iż Apteka posiada status płatnika podatku dochodowego od osób fizycznych oraz posługuje się własnym numerem NIP, a zatem zaliczki od wynagrodzeń osób fizycznych powinna odprowadzać do wyspecjalizowanego urzędu skarbowego właściwego według swojej siedziby, tj. - Podlaskiego Urzędu Skarbowego, posługując się przy tym własnym numerem identyfikacyjnym.

Z akt rejestracyjnych Y nie wynika, aby należało dokonywać zmian aktualizacyjnych objętych zgłoszeniem identyfikacyjnych.