Przepisy ustawy z dnia 26.07.1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2000r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm.) w art. 24a ust. 1, nakładają na osoby fizyczne, spółki osób fizycznych, spółki jawne osób fizycznych oraz spółki partnerskie obowiązek prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów lub ksiąg rachunkowych, zgodnie z odrębnymi przepisami. Sposób prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów określa rozporządzenie Min. Fin. z dnia 26.08.2003r. (Dz. U. Nr 152, poz.1475). W myśl § 12 tego rozporządzenia, zapisy w księdze dokonywane są na podstawie rzetelnych dowodów księgowych, którymi są przede wszystkim faktury i rachunki oraz inne dowody (wyszczególnione w ust. 3 powołanego przepisu), potwierdzające fakt dokonania operacji gospodarczej zgodnie z jej rzeczywistym przebiegiem.

W opisanej przez podatnika sytuacji mamy do czynienia z dwoma rodzajami zdarzeń gospodarczych. Są to zdarzenia występujące w sferze przychodów, związane z uzyskiwanym wynagrodzeniem za udzielone świadczenia zdrowotne oraz zdarzenia w sferze kosztów, związane z wydatkami dot. opłacenia badań dodatkowych i laboratoryjnych.

Za przychód z działalności gospodarczej według art. 14 ust. 1 wspomnianej ustawy o podatku dochodowym uznaje się kwoty należne, choćby nie zostały rzeczywiście otrzymane, po wyłączeniu wartości zwróconych towarów, udzielonych bonifikat i skont. Wystawiona przez podatnika faktura winna zatem opiewać na wartość faktycznie należną za wykonane usługi. Tak udokumentowany przychód jest umniejszany o koszty jego uzyskania, którymi są zgodnie z art. 22 ust. 1 ww. ustawy, wszelkie koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów (...). Nie ma zatem wątpliwości, iż podatnik winien potrącić z uzyskanego przychodu nakłady poniesione (w całości lub części przypadającej na podatnika) na zlecone badania. Aby jednak wydatki te mogły stanowić koszty uzyskania przychodów, powinny być prawidłowo udokumentowane, a więc potwierdzone fakturą wystawioną przez podmiot obciążający podatnika takimi kosztami. W praktyce gospodarczej powszechnie stosowane jest tzw. „refakturowanie kosztów”. W takim przypadku podmiot posiadający fakturę „pierwotną” za wykonane świadczenie, obciąża wynikającym z faktury zobowiązaniem kolejne jednostki, partycypujące w ponoszeniu kosztów wg ich faktycznego zużycia lub ustaleń zawartej umowy, wystawiając dla nich tzw. „refakturę”

Niezależnie jednak od wyboru sposobu rozliczeń między podmiotami, bezsporny jest fakt, iż w opisanej przez podatnika sytuacji, dla przedstawienia prawidłowego przebiegu zdarzeń gospodarczych, konieczne jest ich udokumentowanie odrębnymi dowodami księgowymi. Nie ma przy tym przeszkód do stosowania kompensacji wzajemnych wierzytelności obu stron na ustalonych zasadach lub zasadach wynikających z ustawy z dnia 23.04.1964r Kodeks cywilny (Dz. U. Nr 16, poz. 93 z późn. zm.)

Tut. organ podatkowy zauważa, że stosowane do tej pory rozwiązanie, polegające na pomniejszaniu wartości faktury za świadczenia zdrowotne o nakłady na badania dodatkowe i laboratoryjne prowadzi do przedstawienia nierzetelnych wyników finansowych prowadzonej działalności gospodarczej (i tym samym ksiąg podatkowych) obu stron transakcji. Mimo, że jego stosowanie nie ma wpływu na wielkość dochodu to jednak powoduje zaniżenie przychodów z działalności gospodarczej i kosztów ich uzyskania. Należy również pamiętać, że przychód uzyskany w danym roku podatkowym jest często stosowany w przepisach podatkowych jako miernik wyznaczający lub warunkujący wystąpienie niektórych zdarzeń w zakresie opodatkowania. Jego wielkość wpływa np. na możliwość wyboru formy opodatkowania, konieczność prowadzenia danego rodzaju ksiąg podatkowych itp. Nieprawidłowe ustalenie jego wartości może zatem skutkować błędnym zastosowaniem niektórych przepisów podatkowych.