Zgodnie z dyspozycją § 27a ust. 1, 2 i 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 97, poz. 970 ze zm.) zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług lub importu towarów i usług przysługuje również podmiotom, które przed 1 maja 2004r. zawarły z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowy w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (Sapard) dotyczące refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu. W przypadkach, o których mowa wyżej, podatek wskazany na fakturze lub dokumencie celnym podlega zwrotowi w części w jakiej przypada on na wartość netto (bez podatku) towarów lub usług objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej w rozliczeniu końcowym umowy, z tym że zwrotowi nie podlega podatek zaliczony do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej.

Zwrot podatku przysługuje w/w podmiotom spełniającym następujące warunki: a. w całości zapłacili należność obejmującą podatek naliczony z tytułu dokonanego nabycia towarów lub usług oraz posiadają oryginał faktury lub faktury korygującej, a w przypadku importu towarów - dokument stwierdzający zapłatę cła i podatków pobieranych przez organy celne, b. posiadają dokumenty bankowe potwierdzające przekazanie środków refundowanych w wykonaniu w/w umowy, c. posiadają zaświadczenie wydane przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa: #61623; o podpisaniu umowy, o której mowa w ust. 1 przed dniem 1 maja 2004r. #61623; zawierające określenie kwoty podatku, przypadającej na wartość netto (bez podatku) towarów i usług objętych dokonaną refundacją ze środków Unii Europejskiej, wyliczonej na podstawie faktur i dokumentów celnych, przyjętych do rozliczenia umowy, oraz wysokość udziału, w jakim ta kwota podatku i wartość towarów i usług zostały objęte refundacją ze środków Unii Europejskiej, #61623; potwierdzające wysokość kwoty podatku objętego refundacją ze środków Unii Europejskiej w związku z zaliczeniem go do kosztów kwalifikowanych, #61623; zawierające wyszczególnienie numerów, dat i nazw wystawców faktur lub dokumentów celnych, które były wystawione na rzecz podmiotów wymienionych w ust. 1 i stanowiły podstawę refundowania ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych.

Ze złożonego wniosku wynika, że Gmina Wyszków w dniu 25.11.2003r. zawarła z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowę w ramach Programu SAPARD na dofinansowanie inwestycji – budowę sieci wodociągowej i kanalizacyjnej. Tym samym, po spełnieniu w/w warunków może wystąpić do Naczelnika Urzędu Skarbowego z wnioskiem o zwrot podatku VAT w części w jakiej przypada on na wartość netto (bez podatku) towarów lub usług objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej w rozliczeniu końcowym umowy.

Jednocześnie nadmienia się, że w sytuacji opisanej we wniosku brak jest podstaw do odliczenia podatku naliczonego z tytułu zakupów związanych ze sprzedażą niepodlegającą opodatkowaniu, ponieważ zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ) podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w zakresie w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.