W myśl art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54 poz. 535) podstawą opodatkowania jest obrót, z zastrzeżeniem ust. 2-22, art. 30-32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Do obrotu zalicza się otrzymane dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze związane z dostawą lub świadczoną usługą. Z regulacji tej wynika, że w sytuacji gdy podatnik w związku z konkretną dostawą towarów otrzymuje od innego podmiotu jakiekolwiek dofinansowanie stanowiące dopłatę do ceny towaru lub usługi np. na pokrycie części ceny, to tego rodzaju dofinansowanie stanowi uzupełniający element podstawy opodatkowania z tytułu tej dostawy (np. dopłaty do ceny leków). Aby jednak tak było, takie dofinansowanie musi być bezpośrednio związane z daną dostawą towarów lub świadczeniem usług (dotacja przedmiotowa). Jeżeli taki związek bezpośredni nie występuje, dofinansowanie ogólne – na pokrycie niezdefiniowanych wprost kosztów działalności - nie podlega opodatkowaniu. Obrotem są również otrzymane zaliczki, w tym zaliczki na dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze (art. 29 ust. 2).
W przypadku więc wydania leku nabywcy, obrotem jest cała należna kwota za dany lek pomniejszona o kwotę należnego podatku. Obrót, będący podstawą opodatkowania składa się z dwóch części, tj. z części którą reguluje nabywca w momencie wydania towaru oraz z części refundowanej przez NFZ w ramach dotacji przedmiotowej.
Zgodnie z art. 19 ust. 1 cyt. ustawy o podatku od towarów i usług obowiązek podatkowy u podatnika powstaje z chwilą wydania towaru lub wykonania usługi, z zastrzeżeniem ust. 2-21, art. 14 ust. 6, art. 20 i art. 21 ust. 1. W myśl art. 19 ust. 4 cyt. ustawy jeżeli dostawa towaru lub wykonaie usługi powinny być potwierdzone fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7 dniu, licząc od dnia wydania towaru lub wykonania usługi. W przypadku więc wydania towaru (leku) dla klienta, obowiązek podatkowy powstaje w chwili tegoż wydania. Jeżeli zaś wydania winno być potwierdzone fakturą obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury (nie później niż 7 dnia licząc od dnia wydania).
Apteka – jak wynika z opisanego stanu faktycznego sprawy – otrzymuje refundację z NFZ stanowiącą dopłatę do ceny określonego leku lub wyrobu medycznego wydawanego ubezpieczonym bezpłatnie lub za częściową odpłatnością z NFZ. Tego rodzaju dofinansowanie stanowi obok kwoty, uiszczonej przez nabywcę leku, uzupełniający element podstawy opodatkowania. Refundacja następuje na konto bankowe apteki po przeanalizowaniu przedstawionych przez aptekę zestawień zbiorczych recept, nie później niż 15 dni od otrzymania zestawienia. W myśl art. 19 ust. 21 cyt. ustawy postanowiono, że obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką obowiązek podatkowy powstaje w tej części.
Jeśli chodzi o ewidencjonowanie kwot obrotu i podatku należnego za pomocą kasy rejestrującej to stosownie do art. 165 cyt. ustawy VAT obowiązującej od 1 maja 2004 r. do czasu wejścia w życie przepisów wykonawczych wydanych na podstawie art. 111 ust. 7 i 9 tej ustawy zachowują moc przepisy dotychczasowe wydane na podstawie art. 29 ust. 3 i 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11 poz. 50 z 1993 r. ze zm.) tj.

- rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 23 grudnia 2002 r. w sprawie kas rejestrujących (Dz. U. z 2002 r. Nr 234, poz. 1971 ze zm.),
- rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 4 lipca 2002 r. w sprawie kryteriów i warunków stosowania tych kas przez podatników (Dz. U. z 2002 r. Nr 108 poz. 948)

Reasumując: począwszy od 1 maja 2004 r. obowiązek podatkowy z tytułu dokonywanej przez podatnika sprzedaży leków powstaje częściowo na zasadach ogólnych, zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy o VAT, tj. z chwilą wydania leków nabywcy. Dotyczy to tej części należności za lek, którą pokrywa nabywca. Natomiast w odniesieniu tej części obrotu, która jest dotacją obowiązek podatkowy powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika z tytułu wpływu tejże dotacji. Powyższa zmiana w stosunku do stanu sprzed 1 maja 2004 r. nie ma jednak wpływu na sposób ewidencjonowania na kasie rejestrującej obrotu i podatku należnego z tytułu sprzedaży, gdyż tak jak to było poprzednio, na paragonie fiskalnym ujęta zostanie cała cena towaru z jednoczesnym wydzieleniem wartości do refundacji i kwoty, którą płaci bezpośrednio nabywająca towar osoba fizyczna nie prowadząca działalności gospodarczej.