Zgodnie z postanowieniami Wieloletniej Umowy Finansowej SAPARD, nie będą kwalifikowały się do współfinansowania przez Wspólnotę w ramach Programu SAPARD podatki, cła i opłaty importowe, które mogą być odzyskane, refundowane lub kompensowane w jakikolwiek inny sposób.

Ze stanu faktycznego przedstawionego przez beneficjenta wynika, iż jest on rolnikiem ryczałtowym dokonującym dostaw produktów rolnych z własnej działalności rolniczej podmiotom będącym podatnikami podatku od towarów i usług.

W myśl art. 115 ust.1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) rolnikowi ryczałtowemu dokonującemu dostawy produktów rolnych dla podatnika podatku, który rozlicza ten podatek, przysługuje zryczałtowany zwrot podatku z tytułu nabywania niektórych środków produkcji dla rolnictwa opodatkowanych tym podatkiem. Kwota zryczałtowanego zwrotu podatku jest wypłacana rolnikowi ryczałtowemu przez nabywcę produktów rolnych.

Jeżeli zatem beneficjent będzie dokonywał dostawy produktów rolnych z własnej działalności rolniczej m.in. podatnikom podatku od towarów i usług, to będzie miał możliwość odzyskania podatku od towarów i usług. W sytuacji natomiast, gdy dostawy produktów rolnych z własnej działalności rolniczej będą dokonywane wyłącznie na rzecz podmiotów nie będących podatnikami podatku od towarów i usług, wówczas możliwość odzyskania podatku z tytułu nabycia towarów i usług, o której mowa powyżej, nie będzie dotyczyła beneficjenta. Jednocześnie należy dodać, że w myśl § 27 a rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970, zm. Dz. U. Nr 145, poz. 1541) podmiotom, które przed dniem 1 maja 2004 r. zawarły z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowy w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na Rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (SAPARD) dotyczące refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu, przysługuje zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług lub importu towarów i usług.W przypadkach, o których mowa wyżej, podatek wykazany na fakturze lub dokumencie celnym podlega zwrotowi w części, w jakiej przypada on na wartość netto (bez podatku) towarów lub usług objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej w rozliczeniu końcowym umowy, z tym, że zwrotowi nie podlega podatek zaliczony do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej. Zwrot podatku będzie przysługiwał na warunkach określonych w w/w przepisie.

Dodaje się, iż organ podatkowy nie jest właściwy do zajęcia stanowiska w sprawie zaliczenia podatku VAT do kosztów kwalifikowanych refundowanych ze środków programu SAPARD.