Zgodnie z art. 29 ust. 1 cyt. ustawy o VAT zasadą jest, że podstawą opodatkowania podatkiem VAT jest obrót, z zastrzeżeniem ust. 2-22, art. 30-32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4. Obrotem natomiast jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy.
Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usług. Z regulacji tej wynika, że w sytuacji, gdy podatnik otrzymuje dofinansowanie stanowiące dopłatę do ceny towaru lub usługi, to tego rodzaju dofinansowanie stanowi obok ceny, uzupełniający ją element podstawy opodatkowania z tytułu tej dostawy lub świadczenia usług np. dopłaty do ceny leków.
Obowiązek podatkowy powstaje, zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy z chwilą wydania towaru lub wykonania usługi z zastrzeżeniem ust. 2-21, art. 14 ust. 6, art. 20 i art. 21 ust. 1. Na podstawie art. 19 ust. 21 cytowanej ustawy obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika. W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką z tytułu dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze obowiązek podatkowy powstaje w tej części.
W związku z powyższym w przypadku sprzedaży przez apteki leków i artykułów sanitarnych za opłatą ryczałtową lub za częściową odpłatnością bądź bezpłatnie uprawnionym osobom na podstawie przepisów ustawy z dnia 27 września 1991 r. o zasadach odpłatności za leki i artykuły sanitarne (Dz. U. Nr 94 poz. 422 ze zm.), za które apteki otrzymują refundację z budżetu, obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży leków i artykułów sanitarnych pomniejszona o kwotę podatku oraz otrzymana refundacja (stanowiąca wartość brutto).
W myśl art. 111 ust. 1 ww. ustawy o VAT, podatnicy dokonujący sprzedaży na rzecz osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej obowiązani są do prowadzenia ewidencji obrotu i kwot podatku należnego przy zastosowaniu kas rejestrujących. Kasy fiskalne, za pomocą, których prowadzona jest ewidencja muszą spełniać określone warunki m. in. muszą sporządzać wydruki oryginałów i kopii paragonów dla każdej sprzedaży, wydruki raportów fiskalnych dobowych i raportów fiskalnych okresowych, o których mowa w § 4 ust. 1 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z 4.07.2002 r. w sprawie kryteriów i warunków technicznych, którym musza odpowiadać kasy rejestrujące, oraz warunków stosowania tych kas przez podatników (Dz. U. Nr 108, poz. 948 ze zm.).
Obowiązek podatkowy z tytułu sprzedaży w aptece powstanie: - z chwilą wydania towaru ewidencjonowanego na kasie fiskalnej, od kwoty, którą płaci kupujący - na zasadach ogólnych. Kwotę tą należy zaewidencjonować w kasie w momencie sprzedaży - od kwoty otrzymanej refundacji w dacie uznania rachunku bankowego. W kasie fiskalnej (lub drukarce fiskalnej) zostanie zaewidencjonowana wyłącznie ta część obrotu, która podlega opodatkowaniu z chwilą wydania leku klientowi, kwota należnego podatku winna zostać wyliczona odrębnie – dla otrzymanej refundacji – przez podatnika i ujęta w prowadzonej dla potrzeb rozliczenia podatku od towarów i usług ewidencji.