Zgodnie z art. 5 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega co do zasady odpłatna dostawa towarów na terytorium kraju. Przez towary rozumie się rzeczy ruchome, jak również wszelkie postacie energii, budynki i ich części oraz grunty, będące przedmiotem czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.
W rozumieniu art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług obrotem, będącym podstawą opodatkowania, jest nie tylko kwota należna od nabywcy z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę podatku należnego, lecz także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą towarów lub świadczeniem usług. Do dopłat, o których mowa w przytoczonym przepisie, stanowiących obrót będący podstawą opodatkowania, zaliczyć należy również refundację za leki otrzymaną przez apteki z Narodowego Funduszu Zdrowia (NFZ). Obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika ( art. 19 ust. 21 cytowanej ustawy). Powyższy przepis oznacza, iż obowiązek podatkowy od otrzymanej refundacji z NFZ powstanie u podatnika z chwilą, gdy kwota refundacji wpłynie na jego konto w banku. W przypadku uznania rachunku bankowego podatnika zaliczką z tytułu refundacji, obowiązek podatkowy powstaje w tej części.
Stawką właściwą dla refundacji będzie taka stawka, jaką opodatkowuje się dostawę leku podlegającego refundacji. Jeśli chodzi o obowiązek podatkowy od tej części należności za lek, którą płaci nabywca, obowiązek podatkowy powstaje na zasadach ogólnych, a więc z chwilą wydania leku, bądź jeśli dostawa towaru powinna być potwierdzona fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7 dniu, licząc od dnia wydania leku ( art. 19 ust. 1 i 4 ustawy o podatku od towarów i usług).
Reasumując, podatek od towarów i usług należny od dopłat otrzymywanych z Narodowego Funduszu Zdrowia należy wykazać dopiero w miesiącu wpływu gotówki na rachunek bankowy podatnika. Ze względu na to, iż niezależnie, jaką część płatności za lek reguluje pacjent, specyfika ewidencjonowania sprzedaży poprzez kasę rejestrującą powoduje, że w miesięcznych raportach fiskalnych figuruje 100% wartości sprzedaży i należny od tej wartości podatek VAT. Podatek należny na koniec miesiąca dotyczy więc zarówno kwot otrzymanych od kupujących, jak i tych które mają zostać refundowane przez Narodowy Fundusz Zdrowia. Dlatego też do czasu wpływu refundacji na rachunek bankowy podatnika należy zmniejszyć podatek należny o wartość podatku przypadającą na kwotę refundacji.