Ad. 1 i 4. Problem opakowań pod względem ich opodatkowania należy rozpatrywać w dwóch aspektach:
1) jako dodatkowe koszty podatnika w związku z dostawą towarów, które powiększają wartość dokonywanej czynności i tym samym podstawy opodatkowania, albo
2) jako dostawę odrębnego towaru, jednakże w zależności od postanowień stron umowy sprzedaży.

W pierwszym przypadku opakowania są związane z zasadniczą dostawą towarów (sprzedaż piwa w butelkach, które pakowane są w kontenery, na palety, itp.), stąd też zwiększają łączną kwotę należną z tytułu transakcji. Wówczas wartość tych opakowań traktuje się jako element świadczenia zasadniczego, z zastosowaniem stawki VAT właściwej dla świadczenia zasadniczego. Wynika to z definicji podstawy opodatkowania określonej w art. 29 ustawy o VAT. W myśl tego artykułu podstawą opodatkowania jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usług.

W drugim przypadku, jeżeli strony transakcji przewidują zwrot opakowań możliwe jest traktowanie ich jako odrębnego elementu od świadczenia zasadniczego (dostawy towarów), jednakże opakowania te podlegają opodatkowaniu na zasadach ogólnych, tj. tak jak dostawa innych towarów. W sytuacji gdy następuje ich zwrot od nabywcy sprzedawca wystawia fakturę korygującą i wówczas ma zastosowanie art. 29 ust. 4 ustawy o VAT. Tak więc, zapłaty za niezwrócone opakowania nie można rozpatrywać w kategorii odszkodowania, lecz jako kwoty należnej za ich dostawę, tj. wykonanie czynności, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT.

W nieco odmienny sposób dla celów podatkowych traktowane są opakowania zwrotne, gdy sprzedawca pobiera za te opakowania kaucję. W takiej sytuacji, zgodnie z § 22 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z 27 kwietnia 2004r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971), wartości opakowania nie uwzględnia się w treści faktury dokumentującej sprzedaż. Natomiast w ust. 2 § 22 rozporządzenia wskazane jest w jakim terminie sprzedawca wystawia fakturę dokumentującą sprzedaż opakowań jeżeli odbiorca opakowań nie dokonał ich zwrotu. Tak więc, przy wydaniu opakowań za pobraniem kaucji następuje przesunięcie momentu obowiązku podatkowego na termin przewidziany na zwrot opakowań, a gdy w umowie nie określono daty zwrotu opakowań – o 60 dni od dnia ich wydania.

Ad. 2. Uregulowania prawne zawarte w cyt. § 22 rozporządzenia Ministra Finansów mają zastosowanie do opakowań zwrotnych wydanych za kaucją po 1 maja 2004 r. W stosunku do opakowań wydanych przed tą datą stosuje się przepisy obowiązujące w chwili wydania tych opakowań, bowiem ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług nie przewiduje przepisów przejściowych regulujących tę kwestię.

Ad. 3. W § 19 i 20 cyt. rozporządzenia Min. Fin. z 27.04.2004r. zostały określone przypadki, w których sprzedawca wystawia fakturę korygującą. Zgodnie z tymi przepisami wystawienie faktury korygującej może być skutkiem popełnionych błędów przy wystawianiu faktury, udzieleniem rabatu, zwrotem towaru, itd. Skoro niezwrócone przez odbiorcę opakowania zwrotne przekazane za kaucją traktuje się jako odpłatną dostawę towaru, którą dokumentuje się fakturą zgodnie z przepisami § 22 cytowanego rozporządzenia Ministra Finansów to zwrot opakowań przez nabywcę stanowi podstawę dla sprzedawcy do wystawienia faktury korygującej.

Zgodnie z § 19 ust. 4 w/w rozporządzenia sprzedawca jest obowiązany posiadać potwierdzenie odbioru faktury korygującej przez nabywcę. Potwierdzenie odbioru faktury korygującej stanowi u sprzedawcy podstawę do obniżenia kwoty podatku należnego w rozliczeniu za miesiąc, w którym sprzedawca otrzymał to potwierdzenie.

Ad. 5. Art. 108 ust. 1 ustawy o VAT stanowi, iż w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna, która wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. Przepis ten znajduje zastosowanie wtedy, gdy podatnik wystawił fakturę z wykazanym podatkiem, natomiast czynność, którą dokumentuje taka faktura nie była w ogóle zrealizowana lub nie jest w ogóle objęta obowiązkiem podatkowym bądź była zwolniona od podatku.

W opisanej natomiast sytuacji, tj. gdy faktura została sporządzona dla podmiotu zamawiającego towar, lecz do realizacji zamówienia nie doszło, gdyż zamawiający odwołał to zamówienie lub nie przyjął towaru wraz z oryginałem faktury – taka faktura nie rodzi obowiązku zapłaty podatku. Wystawione dokumenty: oryginał i kopię faktury VAT należy anulować, np.: poprzez dokonanie na nich adnotacji uniemożliwiających ich powtórne wydanie (wprowadzenie do obrotu prawnego) i zachować w aktach Spółki.