W art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.), ustawodawca zawarł generalną zasadę, iż przy ustalaniu dochodu stanowiącego podstawę opodatkowania nie uwzględnia się przychodów ze źródeł przychodów położonych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej lub za granicą, jeżeli dochody z tych źródeł nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym albo są wolne od podatku, jak też kosztów związanych z uzyskaniem tych przychodów, niezależnie od rodzajów tych kosztów, to jest zarówno kosztów bezpośrednich, jak i pośrednich.
Z powyższej zasady wynika więc, że kosztów związanych z uzyskaniem przychodów wolnych od opodatkowania nie można uwzględnić do pomniejszenia przychodu z innego źródła, gdyż w innej sytuacji podatnik korzystałby dwukrotnie z przywileju podatkowego określonego w art. 7 ust. 3 wskazanej ustawy.
Należy w tym miejscu także dodać, że w doktrynie podkreśla się, iż z istoty dochodu wynika, że przychody uzyskane z poszczególnych źródeł łączą się z określonymi kosztami; tym samym koszty te należy odliczać od każdego przychodu uzyskiwanego ze związanego z nim źródła. Oznacza to, że poza wyjątkami przewidzianymi w ustawie o podatku dochodowym od osób oprawnych nie jest dopuszczalne opodatkowanie podatkiem dochodowym przychodów (Ryszard Pęk w „Podatek dochodowy od osób prawnych, Komentarz 2003”, Wydawnictwo UNIMEX, str. 99).
W świetle powyższego wydatki poniesione na opracowanie wniosku o przyznanie z Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości dotacji na dofinansowanie zakupu maszyn i urządzeń do produkcji przewodów elektrycznychbędzie można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodu ze źródła, jakim jest otrzymana dotacja.
Tym samym wydatków tych nie będzie można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów ze źródła, jakim jest działalność gospodarcza prowadzona na terenie ....... Specjalnej Strefy Ekonomicznej na podstawie zezwolenia.
Bez znaczenia w powyższym stanie prawnym jest fakt, że wydatki te zostały sfinansowane, jak należy domniemywać z zapytania, ze środków finansowych uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy.
Zwolnienie podatkowe, o którym mowa w § 5 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 25 czerwca 1996 r. w sprawie ustanowienia Suwalskiej Specjalnej Strefy Ekonomicznej (Dz. U. Nr 93, poz. 421; z 1997 r. Nr 28, poz. 156 i z 2000 r. Nr 108, poz.1149, czyli w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2000 r.), należy zaliczyć do zwolnień o charakterze bezwarunkowym, co oznacza, że nie jest ono uzależnione od sposobu wykorzystania osiągniętego dochodu.
Powyższe przesądza o tym, że w przypadku przeznaczenia części dochodu z działalności objętej zezwoleniem na wydatki związane z uzyskaniem przychodu ze źródła, jakim jest dotacja, nie wystąpi obowiązek opodatkowania podatkiem dochodowym od osób prawnych.
Jednocześnie tut. organ wyjaśnia, że zgodnie z art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodu pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego.
Z powyższego przepisu wynika zatem, że jeżeli brak możliwości zaliczenia poniesionych przez podatnika wydatków do kosztów uzyskania przychodu wynika z faktu, iż wydatki te związane są z przychodem zwolnionym od podatku dochodowego – zawarte w powołanym wyżej przepisie ograniczenie dotyczące obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w fakturze dokumentującej poniesienie tego wydatku nie będzie miało zastosowania.