Zgodnie z art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 08.01.1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, podatnik miał prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, związanych ze sprzedażą opodatkowaną. Natomiast stosownie do art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 08.01.1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosowało się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogły być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostawał w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego. Ustawa z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług zawiera podobne uregulowania. W myśl art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Zgodnie z przepisem art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług, obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem z podatku dochodowego.

Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15.02.1992r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000r. Nr 54, poz. 564, ze zm.), kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu uzyskania przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1 ustawy. Z kolei stosownie do art. 16 ust. 1 pkt 58 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków i kosztów bezpośrednio sfinansowanych z dochodów (przychodów), o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 14a, 23 i 24, lub ze środków, o których mowa w art. 33 ust. 4 ustawy z dnia 24.04.2003r. o działalności pożytku publicznego i o wolontariacie (Dz. U. Nr 96, poz. 873). Natomiast art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych stanowi, iż wolne od podatku są dochody uzyskane przez podatników od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych, pochodzące ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym także ze środków z programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów Rzeczypospolitej Polskiej, właściwego ministra lub agencje rządowe; w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej na rzecz podmiotów, którym służyć ma ta pomoc.

W związku z brzmieniem powyższych przepisów trzeba stwierdzić, że Podatnik nie będzie miał obowiązku dokonania korekty deklaracji VAT-7 za miesiące, w których odliczył podatek naliczony związany z wydatkami na wdrożenie systemu ISO następnie częściowo refinansowanymi przez Agencję Rozwoju Przedsiębiorczości S.A. (tj. nie będzie musiał dokonać w tym zakresie korekty podatku odliczonego). Wydatków w części refinansowanej ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej nie zalicza się wprawdzie do kosztów uzyskania przychodów w podatku dochodowym od osób prawnych, lecz ta niemożliwość zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów jest bezpośrednio związana ze zwolnieniem od podatku dochodowego przychodów (dochodów) z bezzwrotnej pomocy zagranicznej. Dlatego też, w przypadku tym nie ma zastosowania zakaz odliczania podatku naliczonego przewidziany w art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 08.01.1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oraz w art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług.

Jednocześnie zaznaczam, że powyższa informacja jest prawidłowa w zakresie stanu faktycznego przedstawionego przez Podatnika we wniosku.