Ad.1
W myśl przepisu art. 13 ust. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. (Dz. U. Nr 54 poz. 535) o podatku od towarów i usług za wewnątrzwspólnotową dostawę towarów uznaje się również przemieszczenie przez podatnika (osobę prawną, jednostkę organizacyjną nie mającą osobowości prawnej, osobę fizyczną wykonującą samodzielnie działalność gospodarczą bez względu na cel lub rezultat takiej działalności), lub na jego rzecz towarów należących do jego przedsiębiorstwa z terytorium kraju na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju, które zostały przez tego podatnika na terytorium kraju w ramach prowadzonego przez niego przedsiębiorstwa wytworzone, wydobyte, nabyte, w tym również w ramach wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, albo sprowadzone na terytorium kraju w ramach importu towarów, jeżeli mają służyć czynnościom wykonywanym przez niego jako podatnika na terytorium tego innego państwa członkowskiego.
Przepis ten rozszerza pojęcie wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów zdefiniowane w art. 13 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług na czynności polegające na przemieszczaniu towarów przedsiębiorstwa z Polski do innego kraju Wspólnoty, w którym mają posłużyć wykonywanym tam przez niego jako podatnika czynnościom.
Konsekwencją traktowania wywozu towaru do własnego magazynu w innym kraju UE jako dostawy wewnątrzwspólnotowej jest opodatkowanie tego zdarzenia w Polsce. W miesiącu wywozu towarów spółka powinna wystawić fakturę VAT i ująć ją w ewidencji za dany miesiąc. Oczywiście będzie to faktura wskazująca jako odbiorcę spółkę z adresem magazynu w kraju wywozu.
Zarejestrowany jako podatnik VAT UE przedsiębiorca przemieszczając towar z Polski na obszar państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju, traktuje tę dostawę jako wewnątrzwspólnotową dostawę towarów, opodatkowując ten transfer według stawki 0% zgodnie z art. 42 ust. 1 ww ustawy, pod warunkiem że:

1) podatnik dokonał dostawy na rzecz nabywcy posiadającego właściwy i ważny numer identyfikacyjny dla transakcji wewnatrzwspólnotowych, nadany przez państwo członkowskie właściwe dla nabywcy, zawierający dwuliterowy kod stosowany dla podatku od wartości dodanej i podał ten numer oraz swój numer, o którym mowa w art. 97 ust. 10, na fakturze stwierdzającej dostawę towarów;
2) podatnik przed złożeniem deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, o którym mowa w art. 99, posiada w swojej dokumentacji dowody, że towary będące przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy zostały wywiezione z terytorium kraju i dostarczone do nabywcy na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium kraju.

W przedmiotowej sprawie, w stanie faktycznym opisanym przez podatnika, wystąpi wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów. Rozstrzygająca w tej kwestii jest ocena (w momencie dokonywania dostawy) czy towary będące przedmiotem dostawy będą – w ocenie podatnika - użytkowane krócej lub dłużej niż 24 miesiące. Jeżeli w momencie dokonywania dostawy podatnik wie, że dostawa ma charakter ostateczny, nie będzie zachodzić wyłączenie, o którym mowa w art. 13 ust. 4 pkt 7 lecz zasada określona w art. 13 ust. 3 ww ustawy.
Zasadą jest, iż w wewnątrzwspólnotowej dostawie towarów obowiązek podatkowy stosownie do art. 20 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług powstaje 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano dostawy. Jednak jeśli przed tym dniem podatnik wystawił fakturę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej wystawienia.
Ad. 2
Jeżeli podatnik przed złożeniem deklaracji za dany okres rozliczeniowy, nie spełnił warunków, o których mowa w art. 42 ust. 1 i 3 ustawy o podatku od towarów i usług wykazuje tę dostawę w ewidencji sprzedaży jako dostawę na terytorium kraju, czyli nie jako sprzedaż opodatkowaną stawką 0% lecz według stawki właściwej dla danego towaru w kraju. ,br>Podstawą opodatkowania w podatku od towarów i usług, zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług, jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku.
Obrotem (podstawą opodatkowania) jest zatem wartość „netto” towaru, tzn. bez należnego podatku od towarów i usług. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy.
Zatem określając podstawę opodatkowania jako obrót będący kwotą należną z tytułu sprzedaży, pomniejszoną o kwotę podatku należnego – spółka winna naliczyć podatek od kwoty należnej od nabywcy pomniejszonej o kwotę podatku należnego, czyli tzw. metodą „w stu”.