Na podstawie art. 14a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) - Urząd Skarbowy w Wadowicach, na żądanie strony z dnia 17.04.2003 r. (wpłynęło dnia 25.04.2003 r.) - udziela pisemnej informacji o zakresie stosowania przepisów prawa podatkowego.

Zgodnie z art. 21 ust. 6a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) -
„6a. Na wniosek podatnika urząd skarbowy jest obowiązany zwrócić różnicę podatku w ciągu 25 dni od dnia złożenia rozliczenia, gdy kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji, wynikają z:
1) faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury, z uwzględnieniem przepisów art. 13 ust. 1 pkt 1 Prawo działalności gospodarczej,
2) dokumentów celnych oraz decyzji, o których mowa w art. 11c, i zostały przez podatnika zapłacone.
Przepis ust. 6 zdanie drugie i trzecie stosuje się odpowiednio”.

W związku z powyższym, zwrot różnicy podatku od towarów i usług w terminie 25 - ciu dni nie jest możliwy w sytuacji, gdy wystawca faktury jest stroną umowy faktoringu i zobowiązuje dłużnika wierzytelności do jej zapłaty bankowi prowadzącemu usługi faktoringowe. W tym przypadku nie występuje bowiem bezpośrednia zapłata należności podatnikowi będącemu wystawcą faktury.

Na potwierdzenie powyższego stanowiska należy dodać, iż w roku 1998 obowiązywał podobny przepis § 54 ust. 5 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 156, poz. 1024 ze zm.), zgodnie z którymprzepis ust. 4 (stanowiący, iż wymienione tam faktury nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego) stosuje się również w przypadku, gdy podatnikom, wymienionym w ust. 6 nabywca nie zapłacił bezpośrednio w formie pieniężnej za pośrednictwem banku należności wynikającej z faktury (faktury korygującej), wystawionej przez tych podatników.

Przepis ten był przedmiotem analizy przez NSA, który w wyroku z dnia 30.01.2003 r. sygn. l SA/Kr 1250/00 stwierdził:
„Ze zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego, a zwłaszcza umowy faktoringu z dnia 2.06.1998 r. i poleceń przelewu wynika, że Spółka dokonywała zapłaty należności wynikających z faktur VAT ZPChr bezpośrednio na rzecz faktora, którym był bank, a nie na rzecz zakładu pracy chronionej. Spółce nie przysługiwało, więc prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikających z tych faktur.Podstawę prawną stanowi tu obowiązujący od 1 stycznia 1998 r. § 54 ust. 1 pkt 5 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Powyższe stanowisko znajduje potwierdzenie w literaturze.
I tak w „Vademecum VAT 1998 r." (Wrocław s. 517) Janusz Zubrzycki wyjaśnił: W przepisie § 54 ust. 5 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15.12.1997 r. stanowiącym, że nie można odliczyć podatku z faktur wystawionych przez ZPChr, WSD i PZP, jeżeli nie zapłacono wynikających z nich należności za pośrednictwem banku dodano, że należności te ma zapłacić nabywca bezpośrednio, co wyklucza możliwość odliczenia podatku z tych faktur, gdy należność została zapłacona przez inny podmiot, np. faktora. Odpowiednikiem tego przepisu, był obowiązujący do końca 1997 r. § 54 ust. 5 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 21 grudnia 1995 r. w sprawie wykonania przepisów o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 154, poz. 797 ze zm.), który brzmiał: Przepis ust. 4 stosuje się również w przypadku, gdy podatnikom wymienionym w ust. 5a nie zapłacono w formie pieniężnej za pośrednictwem banku należności wynikającej z faktury (faktury korygującej) wystawionej przez tych podatników. Brak więc było w poprzednim stanie prawnym warunku, że należności wynikające z faktur VAT ZPChr nabywca miał zapłacić bezpośrednio zakładowi pracy chronionej.Z tego względu Sąd działając na podstawie art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym (Dz. U. Nr 74, poz. 368 ze zm.) orzekł jak w sentencji. "

Również w wyroku NSA z dnia 20.11.2002 r., sygn. I SA/Wr 2749/99 Sąd stwierdził:
„Przenosząc powyższe uwagi na grunt rozpoznawanej sprawy trzeba w pierwszej kolejności podkreślić, iż Izba Skarbowa trafnie przyjęła, iż nie można było uznać prawa skarżących do odliczenia podatku naliczonego zawartego w fakturach wystawionych przez PUT „A" ZPChr, za które zapłata została uiszczona gotówką w kasie wystawcy tych faktur, oraz tych, za które zapłaty na rzecz zakładu pracy chronionej uiścił faktor tj. bank PKB SA O/Wrocław. Przywołana wyżej treść § 54 ust. 5 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. wprost wykluczała prawo do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku, jeśli należność wynikająca z faktury wystawionej przez zakład pracy chronionej nie została zapłacona temu zakładowi „bezpośrednio w formie pieniężnej za pośrednictwem banku".