Państwowa Inspekcja Sanitarna, powołana do realizacji zadań z zakresu zdrowia publicznego podlega ministrowi właściwemu do spraw zdrowia. Państwową Inspekcją Sanitarną kieruje Główny Inspektor Sanitarny jako centralny organ administracji rządowej.

Zadania Inspekcji wykonują m.in. wojewódzkie, powiatowe i graniczne stacje sanitarno - epidemiologiczne kierowane przez państwowych inspektorów sanitarnych i są państwowymi jednostkami budżetowymi.

Stacja Sanitarno - Epidemiologiczna w X działa na podstawie ustawy z dnia 30.08.1991 r. o zakładach opieki zdrowotnej (Dz. U. Nr 91, poz. 408 ze zm.) i ustawy z dnia 14.03.1985 r. o Państwowej Inspekcji Sanitarnej (Dz. U. Nr 90, poz. 575 z 1998 r. ze zm.).

Zakres realizowanych zadań nałożonych na jednostkę odrębnymi przepisami prawa zawarty jest w Zarządzeniu Ministra Zdrowia z dnia 6.04.2004 roku- zmieniającym zarządzenie w sprawie nadania statutów Wojewódzkiej Stacji Sanitarno - Epidemiologicznej w X oraz powiatowym stacjom sanitarno - epidemiologicznym położonym na obszarze województwa.

Stacja Sanitarno - Epidemiologiczna jako organ państwowy wykonuje czynności bieżącego i zapobiegawczego nadzoru sanitarnego. Ponadto świadczy czynności wykonywane na podstawie zawartych umów cywilnoprawnych.

Stacja w X jest jednostką budżetową działającą w oparciu o ustawę o finansach publicznych. Wydatki pokrywa ze środków budżetu państwa oraz ze środków uzyskanych z działalności wykraczającej poza zakres działalności podstawowej (art. 18 ustawy o finansach publicznych), gromadzonych na wydzielonym rachunku dochodów własnych, a otrzymane dochody odprowadza na rachunek budżetu państwa.

Stacja Sanitarno - Epidemiologiczna w X otrzymuje dotacje z Ministerstwa Zdrowia na pokrycie własnych wydatków.

Jednostka dokonuje zakupów opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz zakupów pozostałych następujących towarów i usług:

-materiałów i wyposażenia;

-leków i materiałów medycznych;

-pomocy naukowych, dydaktycznych i książek;

-energii elektrycznej, wody, gazu, co;

-usług remontowych związanych z bieżącymi naprawami i konserwacją;

-usług zdrowotnych (dotyczących okresowych badań pracowników);

-usług pozostałych (kurierskich, pocztowych, telekomunikacyjnych, poligraficznych, informatycznych, pralniczych, wywóz śmieci, czynsze, opłaty radiofoniczne i telewizyjne, ogłoszenia w mediach, umowy zlecenia i o dzieło);

-zakupów inwestycyjnych (komputerów).

Wydatki te pokrywa ze środków otrzymywanych z Ministerstwa Zdrowia.

Wnioskująca strona uważa, że przysługuje jej możliwość odliczania podatku VAT naliczonego z tytułu ww. zakupów, finansowanych ze środków otrzymywanych z Ministerstwa Zdrowia na utrzymanie Stacji Sanitarno - Epidemiologicznej.

W art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 z 2004 r. ze zm.) postanowiono, że w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124 ustawy o VAT.

Wskazana zasada wyłącza możliwość dokonywania odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku oraz niepodlegających temu podatkowi. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego, może być częściowe tzn. w tej części (zakresie), w jakim dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności zwolnionych od podatku. Odliczenie to odbywa się wówczas w określonej przepisami prawa proporcji.

Podatek naliczony podlega odliczeniu, gdy towary lub usługi, z których nabyciem podatek został naliczony są wykorzystywane do czynności opodatkowanych w sposób bezpośredni, a tym samym bezsporny.

Przepis art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług dopuszcza odliczenie podatku naliczonego związanego z wydatkami, które nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego.

Z taką właśnie sytuacją mamy do czynienia w przypadku jednostki budżetowej, która nie jest podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, korzystając ze zwolnienia podmiotowego na podstawie art. 6 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 15.02.1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 54, poz. 654 z 2004 r. ze zm.).

Podatek VAT naliczony związany z zakupami finansowanymi z otrzymanych dotacji Ministerstwa Zdrowia podlega odliczeniu od podatku należnego na zasadach ogólnych, z uwzględnieniem przepisów warunkujących odliczenie, zawartych w ustawie z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług.