W związku z art. 14a ustawy z dnia 29.08.1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz. 926 ze zm.) oraz zapytaniem podatnika o informację w zakresie stosowania przepisów prawa podatkowego Naczelnik Urzędu Skarbowego w Miechowie wyjaśnia:

Kwestia zwrotu podatku VAT od przedsięwzięć realizowanych w ramach programu SAPARD została uregulowana w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 970 ze zm.). W rozporządzeniu tym wprowadzono § 27a, zgodnie z którym:
1. Zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług lub importu towarów i usług przysługuje podmiotom, które przed dniem 1 maja 2004 r. zawarły z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowy w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na Rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (SAPARD) dotyczące refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu.
2. Podatek wykazany na fakturze lub dokumencie celnym podlega zwrotowi w części w jakiej przypada on na wartość netto (bez podatku) towarów lub usług objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej w rozliczeniu końcowym umowy, z tym że zwrotowi nie podlega podatek zaliczony do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej.
3. Zwrot podatku, o którym mowa wyżej przysługuje tylko tym podmiotom, które spełniają następujące warunki:
- w całości zapłaciły należność obejmującą podatek naliczony z tytułudokonanego nabycia towarów lub usług oraz posiadają oryginał faktury lub faktury korygującej, a w przypadku importu towarów - dokument stwierdzający zapłatę cła i podatków pobieranych przez organy celne,
- posiadają dokumenty bankowe potwierdzające przekazanie środków refundowanych w wykonaniu umowy,
- posiadają zaświadczenie wydane przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa:
a) o podpisaniu umowy przed dniem 1 maja 2004 r.
b) zawierające określenie kwoty podatku, przypadającej na wartość netto (bez podatku ) towarów i usług objętych dokonaną refundacją ze środków Unii Europejskiej, wyliczonej na podstawie faktur i dokumentów celnych, przyjętych do rozliczenia umowy oraz wysokości udziału w jakim ta kwota podatku i wartość towarów i usług zostały objęte refundacją ze środków Unii Europejskiej,
c) potwierdzające wysokość kwoty podatku objętego refundacją ze środków Unii Europejskiej w związku z zaliczeniem go do kosztów kwalifikowanych
d) zawierające wyszczególnienie numerów, dat i nazw wystawców faktur lub dokumentów celnych, które były wystawione na rzecz podmiotu i stanowiły podstawę refundowania ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych.
4. Zwrotu podatku dokonuje się na wniosek podmiotu złożony do naczelnika urzędu skarbowego, a w przypadku podmiotów niebędących podatnikami podatku - do naczelnika urzędu skarbowego właściwego ze względu na siedzibę lub miejsce zamieszkania.
5. Wniosek w sprawie zwrotu podatku powinien zawierać:
- nazwę i adres siedziby nabywcy lub imię i nazwisko oraz adres jego zamieszkania
- wartość nabytych towarów i usług lub importu towarów i usług, których dotyczy wniosek o zwrot podatku
- kwotę podatku, o której zwrot ubiega się podatnik.
6. Do wniosku dołącza się:
1) zaświadczenie, o którym mowa w ust. 3 pkt 3
2) oświadczenie składającego wniosek, że zwrot podatku nie dotyczy podatku naliczonego, który został lub zostanie przez podatnika rozliczony w jakikolwiek inny sposób.

Jak wynika z powyższego podatnik w składanym wniosku powinien wyliczyć kwotę podatku, o której zwrot będzie się ubiegał, a zgodnie z § 27a pkt 2 ww. rozporządzenia powinna to być część podatku VAT jaka przypada na wartość netto towarów objętych refundacją ze środków UE (zwrotowi nie podlega podatek zaliczony do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków UE). W wyliczeniu kwoty VAT podlegającej zwrotowi pomocne będzie zaświadczenie wydawane przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, o którym mowa w pkt 3.