Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2005r. Nr 95, poz. 798 ze zm.) w § 9 określa jakie elementy powinna zawierać faktura VAT, także wystawiona w formie elektronicznej, stwierdzająca dokonanie sprzedaży. Według § 10 ust. 1 niniejszego rozporządzenia nabywcy towarów i usług od podatnika, o którym mowa w § 8 ust. 1, mogą wystawiać faktury stwierdzające dokonanie dostawy towarów lub świadczenia usług oznaczone jako "FAKTURA VAT", w tym również faktury, o których mowa w § 14, w przypadku łącznego spełnienia następujących warunków:1) nabywca towarów lub usług:a) jest zarejestrowanym podatnikiem VAT czynnym,b) ma zawartą z dokonującym dostawy towarów lub świadczącym usługi umowę odpowiadającą warunkom wymienionym w ust. 2, upoważniającą do wystawiania faktur, faktur korygujących i duplikatów - w imieniu i na rachunek dokonującego dostawy towarów lub usługodawcy;2) naczelnikom urzędów skarbowych właściwych dla obu stron umowy wymienionej w pkt 1 lit. b zostanie w terminie 10 dni od dnia jej zawarcia dostarczona pisemna informacja o zawarciu takiej umowy, zawierająca w szczególności:a) dane dotyczące dokonującego dostawy towarów lub świadczącego usługi oraz nabywcy,b) datę zawarcia umowy,c) okres obowiązywania umowy.

Należy przy tym podkreślić, że umowa, o której mowa w ust. 1 pkt 1 lit. b, powinna spełniać warunki określone w §10 ust. 2 rozporządzenia a także, że zgodnie z ust. 3 omawianego przepisu faktura wystawiana na zasadach określonych w ust. 1 i 2 powinna dodatkowo zawierać informację, kto był wystawcą faktury i że wystawił ją w imieniu i na rachunek podatnika wymienionego w fakturze jako sprzedawca. Stosownie do ust. 4 przepisy ust. 1 pkt 1 lit. b, ust. 2 i 3 stosuje się odpowiednio do faktur stwierdzających dokonanie wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, jeżeli: 1) nabywcą towarów jest podatnik podatku od wartości dodanej zidentyfikowany dla potrzeb transakcji wewnątrzwspólnotowych na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju; 2) dokonującym wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów jest podatnik, który zgłosił zamiar dokonywania wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów i został zarejestrowany jako podatnik VAT UE, zgodnie z art. 97 ustawy o VAT; 3) dokonujący wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów dostarczył właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego w terminie 10 dni od dnia zawarcia umowy pisemną informację, o której mowa w ust. 1 pkt 2.

W myśl § 10 ust 2 pkt 2 lit. b podatnik dokonujący nabycia towarów lub usług winien, zgodnie z umową zawartą z dostawcą, przedstawić drugiej stronie umowy oryginał i kopię faktury do jej akceptacji w formie podpisu, z tym że termin przedstawienia do akceptacji oryginału faktury ma tak być określony w umowie, aby było możliwe dokonanie terminowego rozliczenia podatku przez dokonującego dostawy towarów lub świadczącego usługi; kopia faktury pozostaje u dokonującego dostawy towarów lub świadczącego usługi,

Natomiast Rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (Dz. U. z 2005r. Nr 133, poz. 1119) normuje warunki i zasady wystawiania, przechowywania i udostępniania faktur w formie elektronicznej. Należy przy tym zauważyć, iż w myśl § 4 faktury mogą być wystawiane, przesyłane i przechowywane w formie elektronicznej, pod warunkiem że autentyczność ich pochodzenia i integralność ich treści będą zagwarantowane bezpiecznym podpisem elektronicznym w rozumieniu art. 3 pkt 2 ustawy z dnia 18 września 2001 r. o podpisie elektronicznym (Dz. U. Nr 130, poz. 1450, z późn. zm.), weryfikowanym za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu lub poprzez wymianę danych elektronicznych (EDI) zgodnie z umową w sprawie europejskiego modelu wymiany danych elektronicznych, jeżeli zawarta umowa, dotycząca tej wymiany, przewiduje stosowanie procedur gwarantujących autentyczność pochodzenia faktury i integralność danych. Dostawca usług EDI winien zagwarantować w umowie, że świadczona z jego strony wymiana danych elektronicznych spełnia standardy umowy w sprawie europejskiego modelu EDI określone w art. 1 Zalecenia Komisji Europejskiej z dnia 19.10.2004r. Nr 1994/820/WE odnoszącego się do aspektów prawnych wymiany danych elektronicznych (Dz. Urz. L 338 z 28.12.1994r.), oraz że procedury stosowane przy tej wymianie gwarantują autentyczność pochodzenia faktury i integralność danych w niej zawartych.

Biorąc pod uwagę przytoczone wyżej przepisy i mając na uwadze zasadę in dubio contra fiscum (wątpliwości należy rozstrzygać na korzyść podatnika) stwierdza się, iż Ustawodawca nie formułuje zakazu wystawiania, przesyłania, przechowywania oraz udostępniania faktur w formie elektronicznej w przypadku wystawiania faktury przez nabywcę. Dodatkowo brak jest unormowania dotyczącego wymogu przedstawienia oryginałów faktur do akceptacji w formie podpisu. Należy zatem przyjąć, że akceptacja taka winna następować również w formie elektronicznej. Również to od podatnika zależy, gdzie będzie znajdować się urządzenie do przesyłania i odbioru danych w systemie EDI oraz wybór podmiotu obsługującego system bowiem sytuacje te nie są przedmiotem unormowania przez przepisy prawa podatkowego.