W myśl przepisu art. 25 ust. 1 pkt 3 powołanej ustawy obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeśli wydatki na ich nabycie nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodu w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego. Zgodnie z przepisem art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. Nr 54 poz. 654 ze zm.) kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Natomiast art. 16 ust. 1 pkt 41 cytowanej ustawy stanowi, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów poniesionych kosztów zaniechanych inwestycji. Wobec czego w myśl przepisu art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług nie przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur dokumentujących zakupy, które są związane z zaniechaną inwestycją.
W przypadku zaniechania inwestycji mającej służyć czynnościom opodatkowanym podatkiem od towarów i usług, podatnik jest zobligowany do skorygowania odliczonego wcześniej (tj. w okresie realizacji inwestycji) podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług służących jej wytworzeniu. Ponieważ zazwyczaj terminy odliczenia podatku naliczonego określone w przepisach ustawy, nie są zbieżne z terminem oddania inwestycji do użytku (odliczenia dokonywane są na bieżąco w okresie realizacji inwestycji), podatnik podejmując decyzję o zaniechaniu inwestycji powinien dokonać odpowiedniej korekty podatku naliczonego w rozliczeniu za miesiąc, w którym nastąpiło zaniechanie.
Ponadto, jeżeli w przyszłości Spółka wróciłaby do zarzuconego projektu (na skutek kolejnej zmiany decyzji) wówczas zgodnie z art. 19 ust. 3b ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym, może obniżyć kwotę podatku należnego przez dokonanie korekty deklaracji, nie później jednak niż w ciągu roku, licząc od pierwszego dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym podatnik nabył prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Jeżeli podatnik nie dokonałby w powyższym okresie ponownej korekty podatku naliczonego, w efekcie utraci prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupionego projektu.