Zgodnie z treścią art. 91 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) w przypadku nabycia towarów i usług, które na podstawie odrębnych przepisów są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji – korekty podatku naliczonego, o której mowa w ust. 1 art. 91, podatnik dokonuje w ciągu 5 kolejnych lat, a w przypadku nieruchomości – w ciągu 10 lat, począwszy od roku, w którym zostały oddane do użytkowania. Zasada ta nie obejmuje towarów i usług, które są zaliczane do środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, lecz wydatki na ich nabycie zostały jednorazowo zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w podatku dochodowym. W takich przypadkach konieczne jest dokonanie względem podatku naliczonego korekty jednorazowej na zasadach określonych w art. 91 ust. 1 ustawy. Stosownie do art. 91 ust. 1, po zakończeniu roku, w którym podatnikowi przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego podatnik ma obowiązek dokonać korekty kwoty podatku odliczonego zgodnie z art. 90 ust. 2-9, z uwzględnieniem proporcji obliczonej w sposób określony w art. 90 ust. 2-7, dla zakończenia roku podatkowego.

Wobec braku regulacji, która wprost regulowałaby kwestię korekty podatku naliczonego w związku z kosztami związanymi z ulepszeniem środków trwałych należy zastosować zasadę generalną z art. 91 ust. 1 ustawy.

Zasadne jest w tej sytuacji potraktowanie wydatków na ulepszenie jak zakup, w stosunku do którego przysługuje prawo odliczenia podatku naliczonego, natomiast na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.) podatek naliczony – w tej części, w której nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku VAT – jest kosztem uzyskania przychodu, jeżeli podatek naliczony nie powiększa wartości środka trwałego.

Zgodnie z art. 16 d ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych wydatki poniesione przez podatnika na nabycie środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, których wartość początkowa nie przekracza 3500 zł mogą stanowić koszty uzyskania przychodów w miesiącu oddania ich do używania.
Zatem, jeśli dany składnik majątku na podstawie art. 16a - 16c może być zaliczony do środków trwałych bądź wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji i w odniesieniu do nich podatnik poniósł wydatki, które jednorazowo mogły być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów – to w przedmiotowej kwestii, na podstawie art. 91 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług odpowiednio zastosowanie znajdzie przepis ust. 1 art. 91, a w związku z powyższym Spółka nie ma obowiązku dokonywać cząstkowej i wieloletniej (odpowiednio 5 lub 10 letniej) korekty podatku naliczonego.
Ponadto podkreślić należy, iż na podstawie ust. 2 art. 16d ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych “składniki majątku o których mowa w art. 16a - 16c, wprowadza się do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych zgodnie z art. 9 ust. 1 ustawy, najpóźniej w miesiącu przekazania ich do używania(...) “