Zgodnie z zasadą wyrażoną w art. 22 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (j. t. Dz. U. z 2000 r., Nr 14, poz. 176 ze zm.) kosztami uzyskania przychodów z poszczególnego źródła są wszelkie koszty poniesione w celu osiągnięcia przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 23 tej ustawy.
Zwrot „w celu” użyty w tym przepisie oznacza, że nie wszystkie wydatki poniesione przez podatnika w związku z prowadzoną działalnością gospodarczą podlegają odliczeniu od podstawy opodatkowania. Aby określony wydatek można było uznać za koszt uzyskania przychodu, między tym wydatkiem a osiągnięciem przychodu musi zachodzić związek przyczynowy tego typu, że poniesienie wydatku ma wpływ na powstanie lub zwiększenie tego przychodu.
Jak wynika z dyspozycji powyższego zapisu, do kosztów uzyskania przychodów można zaliczyć jedynie wydatki poniesione w celu uzyskania przychodów. Podatnik prowadzący działalność gospodarczą powinien wykazać związek między wydatkiem a przychodem, zgodnie z zasadą, że poniesienie kosztu po uwzględnieniu związków przyczynowo- skutkowych doprowadzi do osiągnięcia lub zwiększenia przychodów. Generalnie można przyjąć, że kosztami uzyskania przychodów są wszelkie racjonalne i gospodarczo uzasadnione wydatki związane z prowadzoną działalnością gospodarczą, których celem jest osiągnięcie, zabezpieczenie i zachowanie źródła przychodów. Aby dany wydatek mógł zostać zaliczony do kosztów należy zatem ocenić jego związek z prowadzoną działalnością gospodarczą oraz możliwość osiągnięcia przychodu. Realizowanie przewodu doktoranckiego jest dla podatnika podnoszeniem własnych umiejętności. Aby wydatki poniesione na realizowanie przewodu doktoranckiego zaliczyć do kosztów uzyskania przychodu istnieć musi bezpośrednie przełożenie zdobytych umiejętności na powstanie przychodu, przy czym na uwadze należy mieć fakt uzyskiwania przez podatnika również wynagrodzenia z wykonywania wolnego zawodu, gdzie podwyższenie kwalifikacji ma także istotne znaczenie.

W przeciwnym przypadku, w myśl art. 27a ust. 1 pkt 2 lit. b) cyt. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych do końca 2003 r. istniała możliwość skorzystania z ulgi podatkowej na odpłatne dokształcanie i doskonalenie zawodowe podatnika, polegającej na pomniejszeniu podatku dochodowego o 19% wydatków poniesionych z ww. tytułu. Obniżka ta winna być wykazana w zeznaniu PIT - 36 za rok 2003, którego termin złożenia upływa z dniem 30 kwietnia 2004 r.
W skierowanym do tut. Organu piśmie podatnik informuje, że obowiązek dokształcania i doskonalenia zawodowego wynika z wykonywanego zawodu, jest bezpośrednio związany z prowadzoną przez niego praktyką lekarską i powinien w całości stanowić koszt uzyskania przychodu.
Reasumując zatem, tylko jeśli między wydatkami poniesionymi na realizowanie przewodu doktoranckiego a zakresem działalności prowadzonej przez podatnika istnieje związek, to wydatki te będzie można zaliczyć w koszty uzyskania przychodów.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego przyjmuje się, że przy ustalaniu kosztów uzyskania przychodu każdy wydatek- poza wyraźnie wskazanymi w ustawie- wymaga indywidualnej oceny pod kątem bezpośredniego związku z tym przychodem i racjonalności działania dla osiągnięcia tego przychodu (wyrok NSA z dnia 9 września 1994 r., sygn. akt III S.A. 30/94, opubl. w Monitorze Podatkowym 1995/1/18).