Zgodnie z art. 1 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r., Nr 54, poz. 654 ze zm.) podatnikami podatku dochodowego od osób prawnych są m. in. spółki kapitałowe w organizacji, mimo iż nie są one osobami prawnymi. W konsekwencji do opodatkowania dochodu osiągniętego przez spółkę z o.o. w organizacji, podobnie jak do dochodu osiągniętego przez spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, w pełni mają zastosowanie przepisy ww. ustawy.

Tak więc przy zarachowaniu wydatków poniesionych przez spółkę z o.o. w organizacji do kosztów uzyskania przychodów, trzeba mieć na uwadze ogólną zasadę wyrażoną w art. 15 ust. 1 ww. ustawy, zgodnie z którą kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu uzyskania przychodów z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1.

Każdy wydatek spełniający powyższa definicję podlega zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów. Kosztami uzyskania przychodów są koszty dotyczące całokształtu działalności podatnika, związane z jego funkcjonowaniem. Kosztem są wydatki faktycznie poniesione, a więc także, które zostały przez podatnika udowodnione. Pamiętać należy, że nie są uznawane za koszty uzyskania przychodów niektóre wydatki zaliczone do nich w księgach rachunkowych, które nie zostały faktycznie poniesione i nie są związane z uzyskaniem przychodu.

Przy kwalifikowaniu poniesionych przez spółkę wydatków do kosztów uzyskani a przychodów należy mieć również na uwadze art. 15 ust. 4 ustawy o podatku dochodowy od osób prawnych, zgodnie z którym koszty uzyskania przychodów są potrącalne tylko w tym roku podatkowym, którego dotyczą tj., są potrącalne także koszty uzyskania poniesione w latach poprzedzających rok podatkowy, lecz dotyczące przychodów roku podatkowego oraz określone co do rodzaju i kwoty koszty uzyskania, które zostały zarachowane chociaż ich jeszcze nie poniesiono, jeżeli odnoszą się do przychodów danego roku podatkowego, chyba że ich zarachowanie nie było możliwe; w tym przypadku są one potrącalne w roku, w którym zostały poniesione.

W odniesieniu więc do kosztów, których nie można bezpośrednio powiązać z uzyskiwanymi przychodami gdyż są związane z całokształtem działalności podatnika, podlegają one zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów z chwilą ich faktycznego poniesienia. Muszą to być jednak takie wydatki, które są związane z działalnością mającą na celu osiągniecie przychodów, a zatem pomiędzy poniesionym wydatkiem a uzyskanym przychodem istnieje związek przyczynowo-skutkowy.

Skoro spółka poniosła koszty uzyskania przychodów w roku 2003, a nie uzyskała przychodów to poniesione koszty, o ile spełniają ww. warunki oraz nie będą pokrywane z otrzymanych przez zawiązaną spółkę wpłat na kapitał zakładowy, będą stanowiły stratę podatkową. Zgodnie bowiem z art. 7 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych jeżeli koszty uzyskania przychodów przekraczają sumę przychodów różnica jest stratą.

Strata ta może zostać rozliczona w latach późniejszych zgodnie z art. 7 ust. 5 ww. ustawy.