Zgodnie z przepisem art. 33 ust. 1 ustawy z dnia 08.01.1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) w przypadku, gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna nie mająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty także wówczas, gdy dana sprzedaż nie była objęta obowiązkiem podatkowym albo została zwolniona od podatku.

Oznacza to, że faktura wystawiona w trybie art. 33 w/w ustawy, rodzi obowiązek podatkowy tylko wtedy, gdy dokumentuje dokonanie sprzedaży i została wprowadzona do obrotu prawnego. Takie stanowisko zostało potwierdzone przez Naczelny Sąd Administracyjny, który w składzie siedmiu sędziów podjął uchwałę z 22.04.2002 r./ FPS 2 /02, zgodnie z którą, "jeżeli nie było sprzedaży - to nie powinno być podatku". Przepis art. 33 w/cytowanej ustawy może więc być stosowany tylko wtedy, gdy spełnione zostaną następujące przesłanki: sprzedaż jest zwolniona z podatku lub w ogóle mu nie podlega; na jej udokumentowanie musi być wystawiona faktura; sprzedaż faktycznie musiała mieć miejsce. Brak któregoś z tych elementów wyklucza konieczność zastosowania przepisu art. 33 w/cytowanej ustawy o obowiązku zapłaty podatku.

Natomiast jeżeli faktura nie stanowi potwierdzenia sprzedaży w rozumieniu powołanej ustawy i nie została wprowadzona do obrotu prawnego, można ją anulować. W przypadku bowiem, gdy do umowy sprzedaży nie doszło, a więc potencjalny nabywca nie otrzymał lub nie odebrał oryginału dokumentu sprzedaży, nie można mu wystawić dokumentu korygującego, który wystawia się do dokumentu posiadanego przez nabywcę, bo nie ma czego korygować.

Ponadto użyte w art. 33 w/cytowanej ustawy pojęcie "wystawi fakturę" należy interpretować jako sporządzenie ww. dokumentu i jego przekazanie innemu podmiotowi, tzn. wprowadzenie do obrotu prawnego. Stanowisko takie wyraził NSA w wyroku z dnia 19.12.2000 r. (III SA 1715/99), w którym stwierdził, że możliwość "anulowania" faktur należy zaaprobować jako praktyczną i realną drogę "wycofania się" podatnika z błędnego wystawienia dokumentu rozliczeniowego. Wystawca faktury anulowanej powinien posiadać w aktach jej oryginał i kopię.

W przedmiotowej sprawie spółka L. ma prawo żądać zwrotu nadpłaconego podatku na podstawie przepisów rozdziału 10 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. Nr 137, poz 926 ze zm.), dotyczących nadpłaty podatku. Zgodnie z przepisem art. 75 par. 1 i par. 3 w/w ustawy podatnik, którego zobowiązanie powstało w sposób przewidziany w art. 21 par. 1 pkt 1 w/w ustawy i który w deklaracjach innych niż wymienione w art. 73 par. 2 pkt 2 i 3 w/w ustawy, wykazał zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacił zadeklarowany podatek, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku. Równocześnie z wnioskiem należy złożyć skorygowane zeznanie (deklarację).

Jednocześnie tut. organ podatkowy zauważa, iż zgodnie z przepisem art. 79 par. 2 pkt 2 w/w ustawy, prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie 5 lat od dnia złożenia zeznania (deklaracji).