Zgodnie z art. 46 § 1 ustawy z dnia 23.04.1964r. Kodeks cywilny (Dz. U. Nr 16, poz. 93 ze zm.) nieruchomościami są części powierzchni ziemskiej stanowiące odrębny przedmiot własności (grunty). jak również budynki trwale z gruntem związane lub części takich budynków, jeżeli na mocy przepisów szczególnych stanowią odrębny od gruntu przedmiot własności. Na gruncie przepisów ustawy Kodeks cywilny niedopuszczalna jest zatem sprzedaż przedmiotowego budynku wybudowanego na gruncie niebędącym własnością budującego.

W takim przypadku nie mamy do czynienia ze sprzedażą nieruchomości, lecz następuje przeniesienie za odpłatnością poniesionych na cudzym gruncie nakładów. W świetle ustawy z dnia 08.01.1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) przeniesienie nakładów nie mogło być traktowane jako sprzedaż towarów bądź usług, zatem czynność ta nie podlegała opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Sprzedaż praw nie mogła być zatem dokumentowana fakturą VAT. W przypadku sprzedaży praw właściwym dokumentem był zatem rachunek w rozumieniu przepisów art. 87 ustawy z dnia 29.08.97r. Ordynacja podatkowa cyt. wyżej.

W sytuacji, gdy podatnik potraktował powyższą czynność jako podlegającą opodatkowaniu i wystawiona została faktura ją dokumentująca z wykazaną kwotą podatku, fakturę taką należało uznać za wystawioną w trybie art. 33 ustawy o podatku od towarów i usług, zgodnie z którym w przypadku, gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna nie mająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawiła fakturę, w której wykazała kwotę podatku była obowiązana do jego zapłaty także wówczas, gdy dana sprzedaż nie była objęta obowiązkiem podatkowym albo została zwolniona od podatku.

Podatek naliczony wynikający z takiej faktury nie podlegał odliczeniu zgodnie z przepisem § 48 ust. 4 pkt. 3 rozp. Min. Fin. z dnia 22.03.2002r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 27, poz. 268 ze zm.), który stanowi, że w przypadku faktur, o których mowa w art. 33 ust. 1 ustawy, faktury te nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego.

Powyższe wyjaśnienia oparte są na przedstawionym stanie faktycznym i prawnym obowiązującym przez dniem 01.05.2004r.

Od dnia 01.05.2004r. dla dokonania czynności, o których mowa w piśmie Podatnika, będzie miał zastosowanie przepis art. 8 ust. 1 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535).

Dla udokumentowania przedmiotowej czynności zastosowanie ma § 12 rozp Min. Fin. z dnia 27.04.2004r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004r. Nr 97, poz. 971) – w związku z delegacją art. 106 ust. 8 ustawy z dnia 11.03.2004r.