Zgodnie z treścią art. 51 ust. 1 pkt 2 lit. a ustawy o podatku od towarów i usług opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług według stawki 7% podlega sprzedaż materiałów budowlanych i usług (robót) określonych w załączniku nr 5 do ustawy. Pod pozycją 86 tegoż załącznika wymieniono bez względu na symbol PKWiU budowę, remonty i bieżącą konserwację między innymi budynków szpitali i zakładów opieki medycznej (PKOB ex 1264) - z wyłączeniem klinik weterynaryjnych i stacji unasienniania.
Jednocześnie na podstawie przepisu delegacyjnego - art. 50 ustawy o podatku od towarów i usług - Minister Finansów wprowadził w § 66 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 27 poz. 268 ze zm.) preferencyjną stawkę podatku VAT w wysokości 7% m.in. na usługi (poz. 86 pkt 8 załącznika nr 4) w zakresie budowy, remontów i bieżącej konserwacji budynków szpitali i zakładów opieki medycznej z wyłączeniem klinik weterynaryjnych i stacji unasienniania.
Projektowanie natomiast, jako odrębnie sklasyfikowana usługa podlega opodatkowaniu zgodnie z art. 18 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług stawką podatku w wysokości 22%.
Odmiennie przedstawia się sytuacja, kiedy proces inwestycyjny obejmuje - jak to w Państwa przypadku - usługę kompleksową począwszy od opracowania dokumentacji projektowo - kosztorysowej, nadzoru autorskiego i realizacji robót w budynku szpitala i przychodni sklasyfikowanych według PKOB 1264.
Wówczas należy stosować jednolitą stawkę podatku VAT w wysokości 7% od pełnej wartości kosztorysu, bowiem w myśl art. 15 ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług podstawą opodatkowania podatkiem od towarów i usług jest obrót czyli kwota należna z tytułu sprzedaży towarów, pomniejszona o kwotę podatku.
Powołany przepis określa wyraźnie, co stanowi kwotę należną z tytułu sprzedaży towarów (usług). Kwotą tą jest całość świadczenia należnego od nabywcy. Całością świadczenia należnego od nabywcy z tytułu przedmiotowego zadania inwestycyjnego jest jego cała wartość obejmująca projektowanie, nadzór autorski i roboty budowlane. Projektowanie i nadzór w ramach przedmiotowej umowy związane są z czynnością główną, jaką jest wykonanie prac termomodernizacyjnych. Opracowanie dokumentacji projektowo-kosztorysowej i nadzoru autorskiego jest w tym przypadku elementem całości zadania inwestycyjnego w ramach umowy na wykonanie robót budowlanych w budynku szpitala oraz przychodni będącej efektem udzielonego zamówienia publicznego, a zatem niedopuszczalne jest wyodrębnienie ich z tego zadania, co odnosi ten skutek, że całość powinna być opodatkowana według stawki podatkowej właściwej dla usług budowlanych wykonywanych w budynkach szpitali i zakładów opieki medycznej tj. 7%, (wyłącznie wtedy, gdy strony zawarły umowę rzeczywiście obejmują całość zadania, zgodnie ze specyfikacją istotnych warunków zamówienia).
W przeciwnym razie, w przypadku wyodrębnienia poszczególnych etapów zadania inwestycyjnego należy opodatkować każdą usługę, odrębnie według właściwej stawki.