Co do zasady podatek od towarów i usług naliczony jest podatkiem neutralnym i nie stanowi kosztu uzyskania przychodu w podatku dochodowym. Od tej generalnej reguły wprowadzono jednakże wyjątki. Zgodnie z art. 23 ust. 1 pkt 43 ustawy z dnia 26 lipca 1991 roku o podatku dochodowym od osób fizycznych (j.t. Dz.U. z 2000 r. Nr 14 poz. 176 ze zm.), podatek naliczony stanowi koszt uzyskania przychodów gdy:

• podatnik jest zwolniony od podatku od towarów i usług lub nabył towary i usługi w celu wytworzenia albo odsprzedaży towarów lub świadczenia usług zwolnionych od podatku od towarów i usług,
• w tej, części, w której zgodnie z przepisami o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy podatku od towarów i usług – jeżeli naliczony podatek od towarów i usług nie powiększa wartości środka trwałego.

Wyżej powołany przepis art. 23 ust. 1 pkt 43 ustawy, dopuszcza możliwość zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów podatku od towarów i usług m.in. w tej części, w której zgodnie z przepisami ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11 poz. 50 ze zm.) podatnikowi nie przysługuje obniżenie kwoty lub zwrot różnicy tego podatku.

Zaliczenie jednak do kosztów uzyskania przychodów ww. części podatku od towarów i usług zależy nie tylko od faktu, że naliczony podatek nie podlega odliczeniu na mocy ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym ale również od tego czy wydatek przy którym naliczony został ten podatek w myśl przepisów o podatku dochodowym stanowi koszt uzyskania przychodów (został poniesiony w celu osiągnięcia przychodu).

I tak np. jest kosztem uzyskania przychodów ta część podatku od towarów i usług w zakresie której podatnik utracił prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony.

Odnośnie terminu zaliczenia w koszty uzyskania przychodu podatku VAT naliczonego po dokonanej korekcie, tut. organ zauważa, że koszty uzyskania przychodów mogą być potrącone tylko w określonym czasie, wskazanym przepisami prawa. Ogólna zasada prawna w tym względzie, przyjęta w art. 22 ust. 4 wyżej powołanej ustawy stanowi, że koszty uzyskania przychodów z zastrzeżeniem ust. 5 i 6 są potrącane tylko w tym roku podatkowym, w którym zostały poniesione.

Natomiast zastosowanie do spółki jawnej będzie miał ust. 5 tegoż artykułu, zgodnie z którym, u podatników prowadzących księgi rachunkowe (handlowe) koszty uzyskania przychodów objętych tymi księgami są potrącane tylko w tym roku podatkowym, którego dotyczą tj. są potrącalne także koszty uzyskania poniesione w latach poprzedzających rok podatkowy, lecz dotyczące przychodów roku podatkowego oraz określone co do rodzaju i kwoty koszty uzyskania, które zostały zarachowane, chociaż ich jeszcze nie poniesiono, jeżeli odnoszą się do przychodów danego roku podatkowego, chyba że zarachowanie ich nie było możliwe, w tym wypadku są one potrącalne w roku, w którym zostały poniesione.

W świetle powyższych uregulowań oraz stanu faktycznego przedstawionego w piśmie – zdaniem tut. organu podatkowego, mają państwo prawo do skorygowania kosztów uzyskania przychodów za poszczególne lata podatkowe o VAT naliczony, o ile wydatek wynikający z faktur może być zaliczony do kosztów uzyskania przychodów.

Jednocześnie tut. organ podaje, że stosownie do art. 23 ust. 1 pkt 18 wyżej cytowanej ustawy, nie uważa się za koszt uzyskania przychodów odsetek za zwłokę z tytułu nieterminowych wpłat należności budżetowych i innych należności, do których stosuje się przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa. Zatem, zakazem uznawania za koszt uzyskania przychodów objęte są m.in. odsetki za zwłokę przypadające za zaległy podatek VAT.