Z treści pisma wynika, iż działalność podatnika wiąże się z koniecznością ciągłej modernizacji posiadanej infrastruktury wodno-kanalizacyjnej, w związku z tym, w październiku 2002 r. został podpisany z zewnętrznym wykonawcą kontrakt na modernizację zakładu produkcji wody. Przewidywany okres realizacji powyższej inwestycji wynosi 30 miesięcy, a rozliczenie wykonanych usług budowlanych odbywa się w sposób ciągły, na podstawie faktur wystawianych przez wykonawcę, dokumentujących zakończenie poszczególnych etapów inwestycji. Przy realizacji inwestycji budowlanych podatnik zobowiązany jest do stosowania przepisów ustawy z 10.06.1994 r. o zamówieniach publicznych (Dz. U. z 2002 r. Nr 72 poz. 664) oraz rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 16.07.2002 r. w sprawie zabezpieczenia należytego wykonania umowy o zamówienia publiczne (Dz. U. z 2002 r. Nr 115 poz. 1002), co do których konieczne jest zabezpieczenie należytego wykonania umowy.
Na podstawie art. 75 ust. 1 i 2 powyższej ustawy, zamawiający może żądać od dostawcy lub wykonawcy zabezpieczenia należytego wykonania umowy, które służy do pokrycia roszczeń z tytułu niewykonania lub nienależytego wykonania zamówienia.
Powyższe rozporządzenie reguluje sposób poboru, obliczania wysokości zabezpieczenia oraz zasady jego wnoszenia i zwrotu. Zgodnie z § 3 ust. 1 tego rozporządzenia wysokość zabezpieczenia ustalana jest w stosunku procentowym do ceny ofertowej. Pobieranie przez podatnika kaucji gwarancyjnej następuje przy wykorzystaniu metody określonej w § 6 ust. 1 wyżej cytowanego rozporządzenia, która stanowi, iż gdy cena ofertowa przekracza równowartość w złotych kwoty 130.000 euro, a okres realizacji zamówienia jest dłuższy niż rok, zabezpieczenie wnoszone w pieniądzu może być za zgodą zamawiającego tworzone przez potrącenia z faktur za częściowo wykonane usługi lub roboty budowlane. W wystawionych przez wykonawcę fakturach dokumentujących zakończenie poszczególnych etapów inwestycji, wartość kwoty zabezpieczenia wyszczególniana jest każdorazowo jako pozycja „kwoty zatrzymane”. Podlegająca zapłacie wartość wykonanych usług budowlanych jest pomniejszana o wartość złożonego zabezpieczenia (kaucji gwarancyjnej), wykazana na fakturze kwota zapłaty powstaje poprzez pomniejszenie wartości wykonanych usług budowlanych o wartość złożonego zabezpieczenia.
Stosownie do art. 19 ust. 3b wyżej cytowanej ustawy jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w terminach określonych w ustawie, może obniżyć kwotę podatku należnego przez dokonanie korekty deklaracji dla podatku od towarów usług nie później niż w ciągu roku, licząc od pierwszego dnia miesiąca następującego po miesiącu (kwartale), w którym podatnik nabył prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.
Korekty, o których mowa mogą być dokonane wyłącznie w przypadku, gdy spełnione zostały łącznie następujące warunki:

1. nie zostało wobec podatnika wszczęte postępowanie podatkowe lub postępowanie kontrolne przez urząd skarbowy lub organ kontroli skarbowej za okres, którego dotyczy korekta,
2. w całości została uregulowana należność obejmująca kwotę podatku z tytułu zakupionych towarów i usług, a w przypadku podatku od importu towarów – kwota podatku wynikająca z dokumentów celnych lub decyzji.

Oznacza to, iż dokonanie korekty o której mowa wyżej jest możliwe między innymi w przypadku gdy należności obejmujące kwoty podatku z tytułu zakupionych towarów i usług zostały w całości uregulowane.W efekcie przyjętego przez strony sposobu dokonywania wzajemnych rozliczeń, dochodzi do spełnienia całości żądania zapłaty wynikającego z faktury.
Uregulowanie należności jest pojęciem szerszym od pojęcia zapłaty i może obejmować między innymi formę gotówkową, przelew, kompensatę, potracenie wzajemnych wierzytelności lub każdy inny sposób rozliczeń akceptowany przez strony kontraktu.
W przedmiotowej sprawie wzajemne rozliczenia przewidziane przepisami § 6 ust. 1 rozporządzenia wykonawczego do ustawy o zamówieniach publicznych stanowią uregulowanie należności w rozumieniu art. 19 ust. 3c pkt 2 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, a zatem mają Państwo prawo do złożenia korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług w trybie art. 19 ust. 3b cytowanej ustawy.
W związku z powyższym przedstawiona przez Państwa wykładnia przedmiotowego przepisu jest prawidłowa.