Przepis art. 16g ust. 13 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn. z 2000 r., Nr 54, poz. 654 ze zm.) stanowi, że jeżeli środki trwałe uległy ulepszeniu w wyniku przebudowy, rozbudowy, rekonstrukcji, adaptacji lub modernizacji, wartość początkową tych środków, ustaloną zgodnie z ust. 1 i 3-11, powiększa się o sumę wydatków na ich ulepszenie, w tym także o wydatki na nabycie części składowych lub peryferyjnych, których jednostkowa cena nabycia przekracza 3.500 zł. Środki trwałe uważa się za ulepszone, gdy suma wydatków poniesionych na ich przebudowę, rozbudowę, rekonstrukcję, adaptację lub modernizację w danym roku podatkowym przekracza 3.500 zł i wydatki te powodują wzrost wartości użytkowej w stosunku do wartości z dnia przyjęcia środków trwałych do używania, mierzonej w szczególności okresem używania, zdolnością wytwórczą, jakością produktów uzyskiwanych za pomocą ulepszonych środków trwałych i kosztami ich eksploatacji.

Z kolei przepis art. 16j ust. 1 pkt 3 wspomnianej ustawy mówi, że podatnicy, z zastrzeżeniem art. 16l, mogą indywidualnie ustalić stawki amortyzacyjne dla używanych lub ulepszonych środków trwałych, po raz pierwszy wprowadzonych do ewidencji danego podatnika, z tym że okres amortyzacji nie może być krótszy niż dla budynków (lokali) i budowli – 10 lat, z wyjątkiem budynków wymienionych w rodzajach 103 i 109 Klasyfikacji, trwale związanych z gruntem, kiosków towarowych o kubaturze poniżej 500 m3, domków kempingowych oraz budynków zastępczych, dla których okres ten nie może być krótszy niż 36 miesięcy. Jednocześnie w ust. 3 omawianego przepisu zawarto uregulowania, które określają, że środki trwałe, o których mowa w ust. 1 pkt 3, uznaje się za:

1) używane, jeżeli podatnik wykaże, że przed ich nabyciem były wykorzystywane co najmniej przez okres 60 miesięcy, lub

2) ulepszone, jeżeli przed wprowadzeniem do ewidencji wydatki poniesione przez podatnika na ulepszenie stanowiły co najmniej 30% wartości początkowej.

Mając na uwadze brzmienie wspomnianych wyżej przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych tutejszy organ podatkowy stoi na stanowisku, że wydatki poniesione na ulepszenie w wyniku przebudowy, rozbudowy, rekonstrukcji, adaptacji lub modernizacji środków trwałych podnoszą wartość początkową tych środków trwałych o sumę wydatków na ich ulepszenie, w tym także o wydatki na nabycie części składowych lub peryferyjnych, których jednostkowa cena nabycia przekracza 3.500 zł. W swoim piśmie Spółka podkreśla, że prace adaptacyjno – modernizacyjne zostały jednakże podjęte już po wprowadzeniu wspomnianych budynków do ewidencji środków trwałych. Zatem, zdaniem tutejszego organu podatkowego, Spółka nie może skorzystać z możliwości zastosowania stawki amortyzacyjnej wynikającej z przepisu art. 16j ust. 1 pkt 3, w związku z przepisami art. 16j ust. 3 pkt 2 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Jednocześnie tutejszy organ podatkowy stoi na stanowisku, że o ile w wyniku przeprowadzonych prac adaptacyjno – modernizacyjnych nie powstał nowy środek trwały, a jedynie ulepszono lub zmodernizowano używane już wcześniej środki trwałe, to w opisanym przez Spółkę stanie faktycznym może ona skorzystać z prawa do zastosowania stawki wynikającej z przepisu art. 16j ust. 1 pkt 3 w związku z przepisami art. 16j ust. 3 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych i kontynuować naliczanie amortyzacji według stawki amortyzacyjnej stosowanej przed rozpoczęciem prac adaptacyjnych.