Zgodnie z przepisem zawartym w art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. nr 54 poz. 535) podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.

Zgodnie z art. 157 ust. 1 ww. ustawy - podatnicy zarejestrowani na ostatni dzień przed dniem, o którym mowa w art. 176 pkt 2 (7 dni od dnia ogłoszenia ustawy), na podstawie art. 9 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, z wyłączeniem podatników wymienionych w art. 5 ust. 2 ww. ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, będą uważani za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT, z tym że podatnicy, którzy w zgłoszeniu rejestracyjnym, o którym mowa w art. 9 ust. 1 ww. ustawy o podatku o towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, zgłosili, że będą składać deklaracje podatkowe dla podatku od towarów i usług, zostaną uznani za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT czynni, a pozostali – za podatników zarejestrowanych jako podatników VAT zwolnieni, bez konieczności potwierdzania tego faktu przez naczelnika urzędu skarbowego.

Zgodnie natomiast z art. 157 ust. 2 pkt 2 ww. ustawy z dnia 11 marca 2004 r. wyżej cytowanego przepisu nie stosuje się w stosunku do zakładów (oddziałów) osoby prawnej, będących odrębnymi podatnikami w rozumieniu art. 5 ust. 2 ww. ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku o towarów i usług oraz o podatku akcyzowym.

Ponadto na podstawie art. 160 ust. 3 ww. ustawy o podatku od towarów i usług – osoba prawna, której zakłady (oddziały) rozliczały się jako odrębni podatnicy, wstępuje z dniem 1 maja 2004 r. we wszystkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki swojego zakładu (oddziału), który przestał być wyodrębnionym podatnikiem – w zakresie, w jakim dotyczą podatku od towarów i usług.

Zgodnie z § 12 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. Nr 97 poz. 971) faktura stwierdzająca dokonanie sprzedaży powinna zawierać co najmniej:
1. imiona i nazwiska lub nazwy bądź nazwy skrócone sprzedawcy i nabywcy oraz ich adresy,
2. numery identyfikacji podatkowej sprzedawcy i nabywcy, z zastrzeżeniem ust. 10 i 11,
3. dzień, miesiąc i rok albo miesiąc i rok dokonania sprzedaży oraz datę wystawienia i numer kolejny faktury oznaczonej jako „FAKTURA VAT”; podatnik może podać na fakturze miesiąc i rok dokonania sprzedaży w przypadku sprzedaży towarów o charakterze ciągłym,
4. nazwę towaru lub usługi,
5. jednostkę miary i ilość sprzedanych towarów lub rodzaj wykonanych usług,
6. cenę jednostkową towaru lub usługi bez kwoty podatku (cenę jednostkową netto),
7. wartość towarów lub wykonanych usług, których dotyczy sprzedaż, bez kwoty podatku (wartość sprzedaży netto),
8. stawki podatku,
9. sumę wartości sprzedaży netto towarów lub wykonanych usług z podziałem na poszczególne stawki podatku i zwolnionych od podatku oraz niepodlegających opodatkowaniu,
10. kwotę podatku od sumy wartości sprzedaży netto towarów (usług), z podziałem na kwoty dotyczące poszczególnych stawek podatku,
11. wartość sprzedaży towarów lub wykonanych usług wraz z kwota podatku (wartość sprzedaży brutto) z podziałem na kwoty dotyczące poszczególnych stawek podatku lub zwolnionych od podatku, lub niepodlegających opodatkowaniu,
12. kwotę należności ogółem wraz z należnym podatkiem, wyrażoną cyframi i słownie.

Biorąc powyższe pod uwagę, w przedmiotowej sprawie Naczelnik Urzędu Skarbowego Warszawa Wola stwierdza, że z dniem 1 maja 2004 r. oddział przestał być odrębnym podatnikiem podatku od towarów i usług a jego prawa i obowiązki przejęła jednostka macierzysta. W odpowiednim urzędzie skarbowym z mocy prawa winno nastąpić wyrejestrowanie oddziału z ewidencji podatników podatku od towarów i usług.
Mając na uwadze powyższe, w związku z wyżej cytowanymi przepisami określającymi jakie elementy winna zawierać faktura – należy uznać, że faktury dokumentujące zakupy dokonane przez oddział po dniu 1 maja 2004 r. muszą być wystawiane na jednostkę macierzystą i powinny zawierać jej numer identyfikacyjny, nie zaś NIP oddziału, który już nie jest podatnikiem.