W art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług ( Dz.U. nr 54, poz. 535) stwierdza się, że obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego. Artykuł 88 ust. 3 cyt. ustawy określa przypadki, kiedy pomimo, że dany wydatek nie mógłby zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodów, odstępuje się od pozbawienia podatnika prawa do odliczenia podatku poniesionego w związku z takim wydatkiem.W przepisie tym stwierdza się , że daje prawo do dokonania odliczeń podatku poniesienie, m.in.:1) wydatków związanych z nabyciem towarów i usług, o których mowa w art. 87 ust. 3( środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji),oraz z nabyciem gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów,2) wydatków związanych z nabyciem towarów i usług zaliczanych u podatnika do środków trwałych niepodlegających amortyzacji, zgodnie z przepisami o podatku dochodowym, jeżeli fakt ten pozostaje w ścisłym związku ze zwolnieniem od tego podatku. Ponieważ stosownie do art. 16c pkt 2 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych ( tekst jednolity Dz. U. z 2000 r. nr 54, poz. 654 z późn. zmianami ) amortyzacji nie podlegają budynki, lokale, budowle i urządzenia zaliczane do spółdzielczych zasobów mieszkalnych lub służących działalności społeczno- wychowawczej prowadzonej przez spółdzielnie mieszkaniowe – nie znajduje do nich zastosowania wyłączenie z zakazu odliczania podatku naliczonego wyrażone w art. 88 ust. 3 pkt 1. Ma jednak do nich zastosowanie – do 31 grudnia 2004 r. – wyłączenie określone w art. 88 ust. 3 pkt 2 cyt. ustawy o VAT. Zgodnie bowiem z art. 17 ust. 1 pkt 4f updop, uchylonym od 1 stycznia 2004 r.,lecz obowiązującym do końca tego roku na podstawie art.. 5 ust. 1 ustawy z dnia 12 listopada 2003 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw ( Dz.U. nr 202,poz.1957) – zwolnione są od podatku dochodowego od osób prawnych dochody spółdzielni mieszkaniowych uzyskane z gospodarki zasobami mieszkaniowymi i z innych źródeł przychodów – w części przeznaczonej na cele związane z utrzymaniem zasobów mieszkaniowych i inne cele statutowe, z wyłączeniem działalności gospodarczej. Skoro w tym przypadku mamy do czynienia z wydatkami związanymi z nabyciem towarów, którymi są – budynki, lokale, budowle i urządzenia zaliczane do spółdzielczych zasobów mieszkaniowych – zaliczanych w spółdzielni mieszkaniowej do środków trwałych niepodlegających amortyzacji, a fakt ten pozostaje w ścisłym związku ze zwolnieniem od tego podatku – z uwagi na art. 17 ust. 1pkt 4f updop – do końca bieżącego roku nie ma przeszkód wynikających z art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT do odliczenia przez spółdzielnie mieszkaniowe podatku naliczonego od wydatków związanych z nabyciem ww środków trwałych zaliczanych do spółdzielczych zasobów mieszkaniowych.