Zgodnie z obowiązującymi od 1 maja 2004 r. przepisami ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega m.in. odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju (art. 5 ust. 1 pkt 1 powołanej ustawy).
W kwestii natomiast dotyczącej opodatkowania usług transportu towarów, którego rozpoczęcie i zakończenie ma miejsce na terytorium dwóch państw członkowskich, znajdują zastosowanie przepisy art. 28 ww. ustawy o podatku od towarów i usług, z których wynika, że miejscem świadczenia wewnątrzwspólnotowej usługi transportu towarów jest miejsce gdzie transport towarów się rozpoczyna, z zastrzeżeniem ust. 3 (art. 28 ust. 1).
Z kolei ust. 3 art. 28 powołanej ustawy stanowi, iż w przypadku gdy nabywca usługi, o której mowa w ust. 1 i 2, podał dla tej czynności świadczącemu usługę transportu towarów numer, pod którym jest zidentyfikowany na potrzeby podatku lub podatku od wartości dodanej na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium państwa członkowskiego rozpoczęcia transportu, miejscem świadczenia usługi jest terytorium państwa członkowskiego, które wydało nabywcy ten numer.
W sytuacji, zatem świadczenia usługi transportu towarów na terytorium Wspólnoty na zlecenie kontrahenta zagranicznego bądź krajowego, opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega usługa, dla której miejscem świadczenia określanym zgodnie z wyżej powołanymi przepisami jest terytorium kraju, bowiem zgodnie z przepisem art. 5 ust. 1 pkt 1 opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega m.in. odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.
Świadczenie usług transportu towarów, zgodnie z art. 41 ust. 1 ustawy o VAT podlega opodatkowaniu przy zastosowaniu 22%.
Natomiast w zakresie dotyczącym opodatkowania usług transportu międzynarodowego znajdują zastosowanie przepisy art. 83 ust. 1 pkt 23 oraz art. 83 ust. 3 do 6 cyt. wyżej ustawy o VAT.
I tak w świetle art. 83 ust. 3 przez usługi transportu międzynarodowego, o których mowa w ust. 1 pkt 23 rozumie się :

1) przewóz lub inny sposób przemieszczania towarów :
a) z miejsca wyjazdu (nadania) na terytorium kraju do miejsca przyjazdu
(przeznaczenia) poza terytorium Wspólnoty,
b) z miejsca wyjazdu (nadania) poza terytorium Wspólnoty do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) na terytorium kraju,
c) z miejsca wyjazdu (nadania) na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium kraju do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) poza terytorium Wspólnoty lub z miejsca wyjazdu (nadania) poza terytorium Wspólnoty do miejsca przyjazdu (przeznaczenia) na terytorium państwa członkowskiego innego niż terytorium kraju, jeżeli trasa przebiega na pewnym odcinku przez terytorium kraju.
Nie jest usługą, o której mowa w ust. 3 przewóz osób lub towarów w przypadku gdy miejsce wyjazdu (nadania) i miejsce przyjazdu (przeznaczenia) tych osób lub towarów znajduje się na terytorium kraju, a przewóz poza terytorium kraju ma wyłącznie charakter tranzytu (art. 83 ust. 4).
Świadczenie usług transportu międzynarodowego, zgodnie z pkt 23 ust. 1 art. 83 ustawy o VAT podlega opodatkowaniu przy zastosowaniu 0 % stawki tego podatku, przy czym dokumentami stanowiącymi dowód świadczenia usług, o których mowa w ust. 1 pkt 23 są dokumenty wymienione w ust. 5 art. 83, tj. m.in. list przewozowy, dokument spedycyjny, itp.
Co się zaś tyczy prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwoty podatku naliczonego dotyczące zakupu (w kraju oraz na terenie Wspólnoty bądź poza Wspólnotą) np. paliwa, kwestia ta została uregulowana w Dziale IX przedmiotowej ustawy, i tak zgodnie z treścią przepisu art. 86 ust. 1 w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124. Natomiast w świetle ust. 8 art. 86 omawianej ustawy podatnik ma również prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą :

1) dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami;
2) czynności, o których mowa w art. 7 ust. 3 - 7.
Prawo to jednakże podlega szeregu ograniczeniom, m.in. wymienionym w przepisach rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług.
I tak stosownie do § 14 ust. 1 wspomnianego rozporządzenia w przypadku faktur lub faktur korygujących, nie stanowią podstawy do obniżenia przez nabywcę kwoty podatku należnego, zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego, dokumenty inne niż oryginały tych faktur lub faktur korygujących, albo ich duplikaty.
Z kolei w myśl § 11 ust. 1 faktury oznaczone wyrazami "FAKTURA VAT" wystawiają zarejestrowani podatnicy jako podatnicy VAT czynni, posiadający numer identyfikacji podatkowej, zaś zgodnie z przepisem § 2 ust. 3 omawianego rozporządzenia ilekroć w rozporządzeniu jest mowa o zarejestrowanym podatniku- rozumie się przez to podatnika zarejestrowanego na podstawie art. 96, art. 97 lub art. 157 ustawy.
Mając zatem powyższe na uwadze prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje na podstawie faktur wystawionych przez zarejestrowanych podatników jako podatnicy VAT czynni, posiadających numer identyfikacji podatkowej.