Zgodnie z art. 5 ustawy z dnia 11.03.2004r. o podatku od towarów i usług ( Dz. U. nr 54 poz. 535) opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju; eksport towarów; import towarów; wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów za wynagrodzeniem na terytorium kraju; wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów.Przez dostawę towarów w myśl nowej ustawy o podatku od towarów i usług rozumie się co do zasady przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel. Oznacza to, że podmioty wykonujące czynności na podstawie umowy komisu od 01.05.2004r. rozliczając podatek według zasad ogólnych., tak jak inni podatnicy dokonujący np. sprzedaży towarów.W art. 7 ust. 1 pkt. 3 i 4cyt. ustawy zawarta została definicja “ dostawy towarów”. Z definicji tej wynika, że przez dostawę towarów rozumie się również wydanie towarów na podstawie umowy komisu: miedzy komitentem a komisantem, jak również wydanie towarów przez komisanta osobie trzeciej, a także wydanie towarów komitentowi przez komisanta na podstawie umowy komisu, jeżeli komisant zobowiązany był do nabycia rzeczy na rachunek komitenta.Wynika stąd, iż sprzedaż komisowa stała się z dniem 01.05.2004r. dostawą towarów, w przeciwieństwie do okresu sprzed tej daty, kiedy należała do czynności z zakresu świadczenia usług.W poprzednim stanie prawnym przyjęcie towaru w komis nie powodowało powstania obowiązku podatkowego. Komisant dokonywał sprzedaży towaru na własny rachunek, lecz w imieniu komitenta.Należy jeszcze zwrócić uwagę na rozliczenie podatku VAT należnego od umów komisu zawartych przed 01.05.2004r. W przypadku, zatem umowy komisu, gdy komitent wydał towar komisantowi przez dniem 1 maja 2004r. i nie powstał obowiązek podatkowy przed tym dniem, to zarówno u komisanta, jak i komitenta obowiązek podatkowy oraz podstawę opodatkowania określa się do tych transakcji według zasad obowiązujących w ustawie z dnia 08.01.1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym ( Dz. U. nr 11 poz. 50 ze zm). Powyższe uregulowane jest w art. 171 ustawy z dnia 11 marca 2004r. cytowanej wyżej.

W nowej ustawie o podatku od towarów i usług z dnia 11.03.2004r. w art. 120 określone zostały specjalne procedury odnoszące się do dostawy towarów używanych. Przez towary używane zgodnie z tym artykułem rozumie się ruchome dobra materialne nadające się do dalszego użytku w ich aktualnym stanie lub po naprawie inne niż przedmioty kolekcjonerskie, antyki i dzieła sztuki takie jak: np. obrazy, kolaże, malowidła , rzeźby, fotografie , gobeliny itp., oraz inne niż metale szlachetne lub kamienie szlachetne. Do towarów używanych zalicza się również używane środki transportu.

W przypadku dostawy używanych środków transportu przez podatnika, nabytych uprzednio przez tego podatnika dla celów prowadzonej działalności lub importowanych w celu odprzedaży, podstawą opodatkowania podatkiem od towarów i usług jest marża stanowiąca różnicę pomiędzy całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia pomniejszoną o kwotę podatku. Określone to zostało w art. 120 ust. 4 cyt. ustawy. Zgodnie z art. 120 ust. 10 cyt. ustawy przepis ten stosuje się do towarów używanych – w tym również używanych środków transportu , które podatnik nabył uprzednio od:
1. osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, niebędącej podatnikiem podatku od towarów i usług na zasadach ogólnych w zakresie VAT;
2. podatników podatku od towarów i usług rozliczających się na zasadach ogólnych w zakresie VAT, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113;
3. podatników, jeżeli dostawa tych towarów była uprzednio opodatkowana podatkiem zgodnie z omawianym artykułem tj. gdy opodatkowana jest tylko marża.

W pozostałych przypadkach sprzedaż towarów używanych nie jest opodatkowana metodą marży, a podstawą opodatkowania jest obrót. Obrotem zaś wtedy jest kwota należna z tytułu sprzedaży pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Zasadę tę stosuje się w przypadku dostawy używanych środków transportu nabytych od podatników podatku od towarów i usług ( innych niż w/w).

Ważną rzeczą jest zasada określona w art. 120 ust. 19 cyt. ustawy. Wg niej obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów używanych, w tym również samochodów używanych, jeżeli podlegały one opodatkowaniu zgodnie z art. 120 ust. 4 cyt. ustawy, tj. wg zasad opodatkowania marży stanowiącej różnicę pomiędzy całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia pomniejszoną o kwotę podatku.Wyżej omawianych przepisów nie stosuje się do nowych środków transportu będących przedmiotem wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów.

Faktury dokumentujące sprzedaż używanych środków transportu przy zastosowaniu metody marży wystawia się na zasadach określonych w § 12 Rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27.04.2004r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie maja zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług ( Dz. U. nr 97 poz. 971). Zgodnie z § 12 ust. 8 tego rozporządzenia faktury dokumentujące czynności, o których mowa w art. 120 ustawy, zawierają dane określone w ust. 1 pkt 1-5 i 12 oraz wyrazy “VAT marża”. Wynika z tego, że faktury te nie zawierają kwot netto, kwot podatku należnego. Wystawiane są w wartości brutto.Zgodnie z art. 174 cyt. ustawy w przypadkach określonych w art. 120, procedura polegająca na opodatkowaniu marży ma zastosowanie do dostaw towarów nabytych lub uprzednio importowanych przez podatników o których mowa w art. 120 ust. 4, po dniu 30.04.2004r.