Zgodnie z brzmieniem art. 6 ust. 1 wyżej cytowanej ustawy o podatku od towarów i usług, jej przepisów nie stosuje się do transakcji zbycia przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans.Należy zauważyć, że nowa ustawa o podatku od towarów i usług, w zakresie sprzedaży przedsiębiorstwa lub zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans, nie wprowadziła zmian w przedmiotowej sprawie w stosunku do stanu prawnego przed 1 maja 2004 r.

Wobec braku definicji pojęcia „przedsiębiorstwo” na potrzeby komentowanej ustawy należy posiłkować się określeniami zawartymi w prawie cywilnym, a w szczególności brzmieniem art. 55 k.c. Zgodnie z nim przedsiębiorstwo stanowi zespół składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, obejmujących wszystko co wchodzi w skład przedsiębiorstwa, w tym:1. firmę (nazwę), znaki towarowe i inne oznaczenia indywidualizujące przedsiębiorstwo,2. księgi handlowe,3. nieruchomości i ruchomości należące do przedsiębiorstwa w tym produkty i materiały,4. patenty, wzory użytkowe i zdobnicze,5. zobowiązania i obciążenia, związane z prowadzeniem przedsiębiorstwa,6. prawa wynikające z najmu i dzierżawy lokali zajmowanych przez przedsiębiorstwo.Taką definicją przedsiębiorstwa posługują się także regulacje podatku dochodowego - ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (art. 4a pkt 3) oraz ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (art. 5a pkt 3).

Ustawa o VAT nie definiuje również pojęcia „zakładu (oddziału) samodzielnie sporządzającego bilans”. W celu zdefiniowania tego pojęcia można odwołać się do definicji zawartej w art. 4 pkt 6 ustawy z 19.11.1999 r. Prawo działalności gospodarczej (Dz. U. Nr 101, poz. 1178 ze zm.) w rozumieniu, której oddziałem jest wyodrębniona i samodzielna organizacyjnie część działalności gospodarczej wykonywana przez przedsiębiorcę poza głównym miejscem wykonywania działalności (zakładem głównym).Przedsiębiorstwo może stać się przedmiotem obrotu wyłącznie jako zbiór rzeczy i praw. Czynność prawna mająca za przedmiot przedsiębiorstwo obejmuje wszystko, co wchodzi w skład przedsiębiorstwa, chyba że co innego wynika z treści czynności prawnej.

Wspólnicy Spółki X postanowili zbyć zakład produkujący opakowania i związane z nim znaki towarowe, nazwę firmy, należności oraz zobowiązania, a więc zakład główny, którego obroty i majątek stanowiły ponad 95% obrotów i majątku całej Spółki. Mając na uwadze, że przedmiotem zbycia będzie zespół wszystkich składników związanych z zasadniczą działalnością gospodarczą prowadzoną przez Spółkę, w świetle przytoczonych uregulowań kodeksu cywilnego, przedmiotem transakcji będzie zbycie przedsiębiorstwa.

Oznacza to, iż na udokumentowanie tej czynności (wyłączonej z ustawy), nie może być wydana faktura VAT, będąca zgodnie z art. 106 ust. 1 ustawy VAT dokumentem potwierdzającym dokonaną czynność sprzedaży. Dokonanie tej czynności pozostaje bez wpływu dla wcześniejszych odliczeń podatku naliczonego w związku z zakupami, które służyły prowadzonej przez podatnika działalności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług w sprzedawanym przedsiębiorstwie. Za niekorygowaniem podatku powinna przemawiać neutralność podatkowa sprzedaży przedsiębiorstwa.

Sprzedaż przedsiębiorstwa podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych, gdyż podatkowi podlega umowa sprzedaży rzeczy i praw majątkowych, na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1a ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. Nr 86, poz. 959 z późn. zm.). Niniejsza interpretacja odnosi się do stanu faktycznego przedstawionego w zapytaniu.