Zasady opodatkowania, stawki podatku VAT oraz zasady zwrotu różnicy podatku określają przepisy Ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług ( Dz. U. z 2004 r. Nr 54, poz. 535 ) oraz przepisy wykonawcze do tej ustawy, tj. m.in. Rozporządzenie wykonawcze z dnia 27.04.2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług ( Dz. U. z 2004 r. Nr 97, poz. 970 ).

I tak zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ww. Ustawy o p.t.u. opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega m.in. odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.Przez świadczenie usług, o którym mowa wyżej rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów w rozumieniu art. 7 ww. Ustawy ( art. 8 ust. 1 Ustawy o VAT ).

W świetle obowiązujących obecnie przepisów ustawy o p.t.u. przy ustalaniu stawek podatku od towarów i usług stosowanych przy świadczeniu usług na terytorium kraju należy brać pod uwagę przede wszystkim klasyfikacje statystyczne PKWiU służące do identyfikacji usług polegających temu podatkowi.Natomiast w przypadku wykonywania usług budowlanych wysokość stawki podatku VAT uzależniona jest od przeznaczenia budynku, w którym te usługi są wykonywane.

Świadczy o tym m.in. zapis art. 146 ust. 1 pkt 2 Ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług, który stanowi, iż odniesieniu do robót budowlano-montażowych oraz remontów i robót konserwacyjnych związanych z budownictwem mieszkaniowym i infrastrukturą towarzyszącą oraz obiektów budownictwa mieszkaniowego lub ich części, z wyłączeniem lokali użytkowych, do dnia 31.12.2007 r. stosuje się stawkę podatku VAT w wysokości 7%.Przez roboty związane z budownictwem mieszkaniowym i infrastrukturą towarzysząca, o których mowa wyżej, rozumie się roboty budowlane dotyczące inwestycji w zakresie obiektów budownictwa mieszkaniowego i infrastruktury towarzyszącej oraz remontów obiektów budownictwa mieszkaniowego ( art. 146 ust. 2 Ustawy o VAT ).

W Ustawie z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług brak uregulowań dotyczących możliwości odrębnego fakturowania materiałów i wykonywanych usług. Tym samym nie ma obowiązku wydzielania na fakturze zużytych materiałów – jeżeli jednak będą one wyodrębnione, wówczas muszą być objęte stawką właściwą dla sprzedawanego towaru. Należy zwrócić uwagę, że przepis § 12 ust. 3 Rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27.04.2004 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług ( Dz. U. z 2004 r. Nr 97, poz. 971 ) umożliwia sprzedawcy określenie na fakturze również kwot podatku dotyczących wartości sprzedaży poszczególnych towarów i usług wykazanych w tej fakturze, ale do tego nie zobowiązuje. Natomiast w praktyce przyjmuje się, że podatnicy świadczący usługi jedynie w szczególnych przypadkach mogą osobno rozliczać robociznę, a osobno materiały zużyte przy wykonywaniu danej usługi, jednakże warunkiem koniecznym jest, aby taki sposób rozliczenia wynikał z zawartej umowy , a jednocześnie był zgodny z rzeczywistością. Jeżeli więc z umowy zawartej pomiędzy wykonawcą usługi a ostatecznym odbiorcą usługi wynika, iż przedmiotem tej umowy jest wykonanie określonych robót z wykorzystaniem materiałów wykonawcy tych robót , to przy ich opodatkowaniu obowiązuje jedna stawka podatku VAT, zgodna z przedmiotem umowy i to niezależnie od proporcji kwot wynikających z kalkulacji ceny. Istotne jest bowiem, czy przedmiotem transakcji jest sprzedaż towaru ( w przypadku materiałów budowlanych stawka właściwa przy ich dostawie ) czy usług ( przy robotach związanych z budownictwem mieszkaniowym stawka 7% ), co winno znaleźć odzwierciedlenie w treści wystawianej faktury i wynikać z dokumentów ( umów, dowodów magazynowych, kosztorysów i.t.p. ) na podstawie których je sporządzono . Tym samym jeżeli przedmiotem umowy cywilnoprawnej zawartej przez wykonawcę usług budowlanych z ostatecznym odbiorcą, są roboty budowlane dotyczące inwestycji w zakresie budownictwa mieszkaniowego oraz remonty obiektów budownictwa mieszkaniowego, w ramach której wykonywana będzie usługa z wykorzystaniem materiałów wykonawcy tych usług , to do pełnej wartości kosztorysu należy przyjąć, jednolitą preferencyjną stawkę podatku VAT w wysokości 7% dla całego zadania inwestycyjnego ( w oparciu o art. 146 ust. 1 pkt 2 Ustawy ), chyba że umowa ta przewiduje osobne fakturowanie dostawy materiałów ( wg stawki podatku właściwej przy dostawie towarów określonego rodzaju ) i wykonanej usługi.

Natomiast zasady rozliczania nadwyżki podatku naliczonego nad należnym uregulowane zostały przepisami art. 87 Ustawy z dnia 11.03.2004 r. o podatku od towarów i usług .I tak, zgodnie z ust. 1 ww. artykułu , w przypadku, gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.Zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia ( art. 87 ust. 2 ww. Ustawy o VAT ).Natomiast różnica podatku podlegająca zwrotowi w kwocie przekraczającej wartość podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów i usług, które na podstawie odrębnych przepisów w podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, powiększonej o 22% obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi niż określona w art. 41 ust. 1 Ustawy ( tj. 22 % ) podlega zwrotowi w terminie 180 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej ( art. 87 ust. 3 Ustawy o VAT ). Jednakże na umotywowany wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową, urząd skarbowy jest obowiązany zwrócić różnicę podatku, o którym mowa w ust. 2 ww. artykułu, ( tj. podatku podlegającego zwrotowi w terminie 60 dni ), w terminie 25 dni, a w przypadku kwoty, o której mowa w ust. 3, ( tj. podatku podlegającego zwrotowi w terminie 180 dni ), w terminie 60 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, gdy kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, wynikają z:- faktur dokumentujących kwoty należności , które zostały w całości zapłacone bezpośrednio podatnikowi będącemu wystawcą faktury, z uwzględnieniem art. 13 ust. 1 pkt 1 Prawa działalności gospodarczej;- dokumentów celnych oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2 i 3 oraz art. 34, i zostały przez podatnika zapłacone- wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów lub importu usług lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca , jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji. ( art. 87 ust. 6 Ustawy o VAT ).

Zgodnie z art. 87 ust. 2 Ustawy o p.t.u. jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia , naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć terminy zwrotów , o których mowa w ust. 2, 3 oraz 6 , do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. Jeżeli natomiast przeprowadzone postępowanie wykaże zasadność zwrotu, o którym mowa wyżej, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.