Pojęcie refakturowania nie jest zdefiniowane w przepisach prawnych. Przepisy prawa nie znają również pojęcia „fakturowania”, które można by uznać za pojęcie pierwotne względem „refakturowania”. Pojęcie to zostało ukute przez doktrynę i praktykę.

Należy zauważyć, że w doktrynie i piśmiennictwie niejednolite są poglądy zarówno na temat definiowania samego pojęcia, jak i na temat charakteru tej czynności.

W piśmiennictwie podkreśla się, że w przypadku „refakturowania” kluczowe znaczenie ma nie tyle czynność wystawienia faktury, co raczej czynność „odsprzedaży”, która jest dokumentowana tą fakturą. Obowiązek podatkowy – co do zasady nie jest bowiem związany z wystawieniem faktury – lecz jest związany przede wszystkim z wykonywaniem podlegających opodatkowaniu czynności.

W wielu orzeczeniach sądy – odnosząc się do istniejącej praktyki – stwierdzały, że refakturowanie w praktyce polega na zafakturowaniu odsprzedaży usług bez doliczania jakiejkolwiek marży (por. np. wyrok NSA z dnia 22 marca 1999 r., sygn. akt I S.A./Ka 1375/97, publ. POP 2000 r., nr 4, poz. 120).

W piśmiennictwie wskazywano również na techniczny w istocie charakter samej czynności refakturowania podnosząc, że samo refakturowanie nie stanowi odrębnej czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Stanowi ono bowiem przeniesienie kosztu świadczonej usługi na inny podmiot związany z wystawiającym refakturę więzią prawną (np. umową).

Opłata za korzystanie ze środowiska naliczana od ilości spalonego opału wnoszona na rzecz Urzędu Marszałkowskiego zgodnie z ustawą Prawo o ochronie środowiska obciąża konkretnego Podatnika. Pobierane przez właściwe organy opłaty nie są usługą ani też żadną inną czynnością podlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Tego rodzaju opłaty obciążają bezpośrednio podatnika zobowiązanego do jej uiszczenia, w tym przypadku Wielobranżowe Przedsiębiorstwo Komunalne Sp. z o. o.

Zatem i refakturowanie tych wydatków na Gminę i Miasto N. nie podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.