Ad. 1 a) Zgodnie z zapisem zawartym w art. 14 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r., Nr 14, poz. 176 ze zm.) za przychód z działalności, o której mowa w art. 10 ust. 1 pkt 3, uważa się kwoty należne, choćby nie zostały faktycznie otrzymane, po wyłączeniu wartości zwróconych towarów, udzielonych bonifikat i skont. U podatników dokonujących sprzedaży towarów i usług opodatkowanych podatkiem od towarów i usług za przychód z tej sprzedaży uważa się przychód pomniejszony o należny podatek od towarów i usług.
Zasada wyrażona w art. 14 ust. 1 stanowi zasadę ogólną, natomiast ust. 1c–1f precyzuje, z jaką datą przychód uzyskany przez podatnika staje się przychodem należnym.
Zgodnie z art. 14 ust. 1c ww. ustawy za datę powstania przychodu, z zastrzeżeniem ust. 1e-1g, uważa się dzień wystawienia faktury (rachunku), nie później jednak niż ostatni dzień miesiąca, w którym:

1. wydano rzecz, zbyto prawo majątkowe lub
2. wykonano usługę, w tym częściowo wykonano usługę, jeżeli jej częściowe wykonanie stanowi wynikający z umowy lub z odrębnych przepisów tytuł do zapłaty, lub
3. otrzymano zapłatę za wykonane świadczenie – w pozostałych przypadkach.

Jak wynika z powyższego, za datę powstania przychodu uważa się między innymi datę wystawienia faktury również na częściowo wykonaną usługę, jeżeli jej częściowe wykonanie stanowi wynikający z umowy lub z odrębnych przepisów tytuł do zapłaty.
W praktyce oznacza to, że rozliczanie inwestycji etapami może być dokonywane wówczas, gdy z odrębnych przepisów lub z zapisów zawartych w umowach dotyczących realizacji inwestycji, harmonogramu prac, warunków odbioru wykonanych etapów inwestycji wynika, że rozliczenie danej inwestycji następuje etapami. W takim przypadku kwoty pobrane na poczet częściowo wykonanej usługi stanowią przychód w rozumieniu przepisów podatkowych i podlegają wykazaniu w podatkowej księdze przychodów i rozchodów po stronie przychodów.

1 b) Zgodnie z brzmieniem art. 44 ust. 3f ww. ustawy podatnicy osiągający dochody z działalności gospodarczej, o której mowa w art. 14, opodatkowani na zasadach określonych w art. 30c, są obowiązani wpłacać na rachunek urzędu skarbowego, którym kieruje właściwy naczelnik urzędu skarbowego, zaliczki miesięczne w wysokości różnicy między podatkiem należnym od dochodu osiągniętego od początku roku, obliczonym zgodnie z art. 30c, a sumą należnych zaliczek za poprzednie miesiące, z uwzględnieniem art. 27b. W myśl art. 44 ust. 6 ustawy, zaliczki miesięczne za okres od stycznia do listopada uiszcza się w terminie do dnia 20 każdego miesiąca za miesiąc poprzedni. Zaliczkę za grudzień, w wysokości należnej za listopad, uiszcza się w terminie do dnia 20 grudnia. W terminach płatności zaliczek za miesiące od stycznia do listopada podatnicy są obowiązani składać urzędom skarbowym deklaracje według ustalonego wzoru o wysokości dochodu osiągniętego od początku roku.Podatnik nie ma obowiązku składania deklaracji PIT-5L do momentu, gdy od początku roku nie osiągnie żadnych dochodów. Jeżeli jednak podatnik już raz uzyskał dochód to obowiązany jest składać deklaracje PIT-5L także za następne miesiące, nawet wtedy, gdy w poszczególnych miesiącach roku poniesione koszty uzyskania przychodów przewyższałyby przychód.

Ad.2 i ad.5 Zgodnie z art. 6 ust. 8b pkt 2 lit. d ustawy z dnia 08.01.1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 z 1993 r. ze zm.) obowiązek podatkowy w usługach budowlanych i budowlano-montażowych powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30 dnia od dnia wykonania usługi. Otrzymanie części zapłaty powoduje powstanie obowiązku podatkowego w tej części. Dotyczy to także zadatków, zaliczek, przedpłat i rat otrzymanych przed wydaniem lokalu, co reguluje art. 6 ust. 8d cytowanej ustawy. Jeżeli sprzedaż towaru lub wykonanie usługi powinny być potwierdzone fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7 dniu od dnia wydania towaru lub wykonania usługi, w myśl art. 6 ust. 4 ww. ustawy.
Zatem, zgodnie z art. 10 ust. 1 cytowanej ustawy, jeśli powstaje obowiązek podatkowy, podatnik jest obowiązany do rozliczania się w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym obowiązek ten powstał.
Powyższe zasady w nowej ustawie z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. Nr 54 poz. 535) zostały zachowane i mówią o nich odpowiednio:

- o obowiązku podatkowym art. 19 ust. 13 pkt 2d, w myśl którego obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30 dnia, licząc od dnia wykonania usług budowlanych i budowlano- montażowych;
- o otrzymaniu części zapłaty art. 19 ust. 11, w myśl którego jeżeli przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi otrzymano część należności, w szczególności: przedpłatę, zaliczkę, zadatek, ratę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w tej części;
- o dokumentowaniu art. 19 ust. 4, w myśl którego jeżeli dostawa towaru lub wykonanie usługi powinny być potwierdzone fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w 7 dniu od dnia wydania towaru lub wykonania usługi, ponadto art. 106 ust. 3 podkreśla, iż obowiązek wystawienia faktury stosuje się także do części należności otrzymywanych przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi;
- o obowiązku rozliczeń art. 99 ust. 1, w myśl którego podatnicy są obowiązani składać w urzędzie skarbowym deklaracje podatkowe za okresy miesięczne w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po każdym kolejnym miesiącu;

Ad.3. Podatnik prowadzący wielokierunkową działalność gospodarczą, lecz w ramach jednej firmy, składa jeden formularz deklaracji dla podatku od towarów i usług (VAT-7), w którym podaje, jak wskazuje konstrukcja deklaracji, rozliczenie zbiorcze dokonanych w ciągu miesiąca operacji gospodarczych.

Ad. 4. Zgodnie z zapisem zawartym w art. 9a ust. 4 ww. ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, jeżeli podatnik prowadzi działalność gospodarczą samodzielnie i w formie spółki lub spółek niemających osobowości prawnej albo w formie spółki lub spółek niemających osobowości prawnej, wybór sposobu opodatkowania 19% liniową stawką dotyczy wszystkich form prowadzenia działalności, do których mają zastosowanie przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Jeżeli więc podatnik w ramach samodzielnie prowadzonej działalności gospodarczej świadczy kilka rodzajów działalności, wybór sposobu opodatkowania na zasadach określonych w art. 30c (czyli 19% liniowym podatkiem) dotyczy całej prowadzonej działalności. Wszystkie przychody oraz koszty uzyskania przychodów podlegają wykazaniu w jednej deklaracji PIT-5L.

Ad. 6 Przepisy podatkowe nie nakładają na prowadzącego działalność gospodarczą w zakresie budowy i sprzedaży mieszkań, dodatkowego rozliczenia budowy po jej zakończeniu i sprzedaży poszczególnych mieszkań oraz przedłożenia takiego rozliczenia w urzędzie skarbowym.

Ad. 7. Zgodnie z § 9 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 26 sierpnia 2003 r. w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów (Dz. U. Nr 152, poz. 1475 ze zm.) księga oraz dowody, na których podstawie są dokonywane w niej zapisy, musi znajdować się na stałe w miejscu wykonywania działalności lub miejscu wskazanym przez podatnika jako jego siedziba, z zastrzeżeniem ust. 6, a jeżeli prowadzenie księgi zostało zlecone biuru rachunkowemu – w miejscu wskazanym przez podatnika stosownie do § 8 ust. 1 pkt 1.
W przypadku prowadzenia przedsiębiorstwa wielozakładowego, w myśl § 9 ust. 3 ww. rozporządzenia, księgi muszą znajdować się w każdym zakładzie. Podatnik może jednak prowadzić jedną księgę w miejscu wskazanym jako jego siedziba, pod warunkiem, że w poszczególnych zakładach jest prowadzona co najmniej ewidencja sprzedaży, o której mowa w § 8 ust. 1 pkt 2, (...).
Przepisy powołanego rozporządzenia przewidują możliwość prowadzenia więcej niż jednej księgi w przypadku prowadzenia przedsiębiorstwa wielozakładowego.
Natomiast w zakresie podatku od towarów i usług, zgodnie z art. 27 ust. 4 ustawy o PTU w brzmieniu obowiązującym do dnia 30 kwietnia 2004 r., jak również w nowej ustawie z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 r. Nr 54 poz. 535), zgodnie z art. 109 ust. 3, podatnicy są obowiązani prowadzić ewidencję zawierającą dane niezbędne do określenia przedmiotu i podstawy opodatkowania, wysokość podatku należnego, kwoty podatku naliczonego obniżającego podatek należny oraz kwotę podatku podlegającą wpłacie do urzędu skarbowego lub zwrotowi z tego urzędu oraz inne dane służące do prawidłowego sporządzenia deklaracji podatkowej.
Podatnik ma prawo do prowadzenia ewidencji na potrzeby poszczególnych np. oddziałów lub rodzajów prowadzonej działalności gospodarczej. Muszą one jednak zawierać ww. dane, które po podsumowaniu osobnych rejestrów służą do sporządzenia deklaracji VAT-7.

Ad. 8 Podatnik prowadzący działalność w zakresie budowy lokali mieszkalnych nie ma obowiązku zgłoszenia do organu podatkowego faktu rozpoczęcia budowy i poboru zaliczek na budowane lokale mieszkalne.

Ad. 9 Ustawa o podatku od towarów i usług z dnia 11 marca 2004 r. obejmuje opodatkowaniem grunty, które dotychczas z tego opodatkowania były wyłączone. W art. 2 pkt 6 ww. ustawy, ustawodawca zawarł definicję towarów określając, iż przez towary rozumie się rzeczy ruchome, jak również wszelkie postacie energii, budynki, i budowle lub ich części, będące przedmiotem czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, które są wymienione w klasyfikacjach wydanych na podstawie przepisów o statystyce publicznej, a także grunty.
Zgodnie z art. 29 ust. 5 cytowanej ustawy, w przypadku dostawy budynków lub budowli trwale z gruntem związanych albo części takich budynków lub budowli, z podstawy opodatkowania nie wyodrębnia się wartości gruntu. Zatem wartość budynku/mieszkania należy powiększyć o wartość gruntu i opodatkować taką samą stawką.
W odniesieniu do robót budowlano-montażowych oraz remontów i robót konserwacyjnych związanych z budownictwem mieszkaniowym i infrastrukturą towarzyszącą, a także w odniesieniu do obiektów budownictwa mieszkaniowego lub ich części -z wyłączeniem lokali użytkowych- stosuje się stawkę w wysokości 7% do dnia 31 grudnia 2007 r., zgodnie z przepisami przejściowymi określonymi w art. 146 ust. 1 pkt 2a i 2b ww. ustawy.
W ustawie z dnia 8 stycznia 1993 r. o PTU, w art. 6 ust. 7b, ustawodawca zaznaczył, iż obowiązek podatkowy w przypadku sprzedaży lokali i budynków powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30 dnia od dnia wydania.
Moment wydania wiąże się z przeniesieniem prawa własności, które następuje w formie aktu notarialnego.
Przepis ten został zawarty także w ustawie z dnia 11 marca 2004 r. w art. 19 ust. 10, który stanowi, iż w przypadku dostawy towarów, której przedmiotem są lokale i budynki, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30 dnia, licząc od dnia wydania.
Powyższe uregulowania odnoszą się do stanu prawnego obowiązującego w roku 2004, zatem organ podatkowy nie ma podstaw do zajęcia stanowiska w sprawie zasad stosowania przepisów podatkowych w 2005 roku.