Art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług ( Dz.U. Nr 54, poz. 535 ) stanowi, iż w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego (...). Ustęp 2 pkt 1 tego artykułu stanowi, iż kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika (...), zaś w przypadku importu - suma kwot podatku wynikająca z dokumentu celnego ( ust. 2 pkt 2 tego artykułu ). Zatem, warunkiem dokonania odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupu jest wykonywanie czynności opodatkowanych i występowanie sprzedaży opodatkowanej podatkiem VAT ( por. art. 86 ust. 19 ustawy o VAT).

Organ podatkowy zwraca uwagę, iż czynności świadczone przez Podatnika w zakresie wynajmu budynków szkoły na działalność społeczno-edukacyjną, mieszczące się w grupowaniu PKWiU - 70.20.12 jako "usługi w zakresie wynajmowania lub dzierżawienia nieruchomości o charakterze niemieszkalnym na własny rachunek", podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT w wysokości 22% wg stawki określonej w art. 41 ust. 1 ustawy o VAT. Oznacza to, iż zakupy inwestycyjne związane z występującą u Podatnika sprzedażą opodatkowaną podlegają odliczeniu od kwot podatku należnego.

Szczegółowe warunki dokonania odliczenia podatku naliczonego od kwot podatku należnego oraz zasady zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zostały uregulowane w art. 87 ustawy o VAT. Zgodnie z ust. 2 i 3 tego artykułu, podatnikowi przysługuje prawo do zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy z tytułu nabycia towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika.

Ponadto, dokonując odliczenia podatku naliczonego od kwot podatku należnego, Podatnik winien mieć na uwadze postanowienia zawarte w art. 90 cytowanej wyżej ustawy, a związane z procedurą odliczenia podatku naliczonego zawartego w dokonanych zakupach towarów i usług w przypadku występowania jednocześnie czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje ( np. występowanie sprzedaży zwolnionej od podatku ), jak i związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje takie prawo.

Reasumując, stwierdzić należy, że Fundacji "B" przysługuje prawo do dokonania odliczenia podatku zawartego w fakturach dokumentujących zakupy inwestycyjne i w konsekwencji prawo do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym związanym wyłącznie z czynnościami podlegającymi opodatkowaniu na zasadach przedstawionych powyżej.