Odpowiadając na pytania Podatnika należy wskazać, że ustawodawca w przepisach ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) przewidział szczególny sposób częściowego odliczania podatku naliczonego. Przepisy te zostały zawarte w Rozdziale 2 Działu IX powołanej ustawy. I tak zgodnie z treścią przepisu art. 90 ust. 1 i 2 ww. ustawy w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwoty podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części tych kwot, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Zgodnie z treścią ustępu 3 tego artykułu, proporcję tę ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.
Ze złożonego wniosku wynika, że podatnik dokonuje zakupów, które są wykorzystywane tylko do wykonywania czynności w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz zakupów wykorzystywanych zarówno do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje i nie jest możliwe wyodrębnienie kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których Spółce przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Jeżeli zatem podatnik jest w stanie wyodrębnić zakupy, które są wykorzystywane wyłącznie do wykonywania czynności w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, wówczas podatek naliczony od tych zakupów podlega odliczeniu w pełnej wysokości na zasadach ogólnych, oczywiście z uwzględnieniem wyjątków przewidzianych w ustawie. Bez wpływu na powyższe pozostaje fakt, że podatnik otrzymuje dotacje, które zgodnie z przepisami ustawy z dnia 11 marca 2004 r. nie podlegają opodatkowaniu, tj. dotacje przekazywane na pokrycie ogólnych kosztów działalności podatnika.
Natomiast rozliczeniu według proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 3 powołanej ustawy, podlegać będzie podatek naliczony związany z zakupami, które wykorzystywane są do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, i jednocześnie nie jest możliwe wyodrębnienie kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami.
Zgodnie z art. 163 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r., jeżeli Podatnik w 2003 r. osiągnął obrót przekraczający kwotę 30.000 zł. z tytułu wykonywanych czynności, które zgodnie z przepisami ustawy podlegałyby opodatkowaniu lub nie podlegały opodatkowaniu, przy obliczaniu kwoty podatku naliczonego podlegającego odliczeniu w okresach rozliczeniowych od maja do grudnia 2004 r. przyjmuje się proporcję, o której mowa w art. 90 ust. 3-8, wyliczoną na podstawie obrotów osiągniętych w 2003 r. z wykonywania tych czynności, uwzględniając zakres prawa do obniżenia kwoty podatku należnego, jaki wynika z ustawy. W myśl art. 90 ust. 5 i ust. 6 do tego obrotu nie wlicza się obrotu uzyskanego z dostawy środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, używanych przez podatnika na potrzeby jego działalności, jak również obrotu uzyskanego z tytułu transakcji dotyczących nieruchomości oraz usług wymienionych w załączniku nr 4 w poz. 3 (usługi pośrednictwa finansowego), w zakresie w jakim czynności te są dokonywane sporadycznie. Natomiast zgodnie z art. 90 ust. 7 ustawy do obrotu uzyskanego z czynności, w stosunku do których nie przysługuje podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, wlicza się kwotę otrzymanych subwencji (dotacji) innych niż określone w art. 29 ust. 1. Z kolei art. 29 ust. 1 stanowi, że podstawą opodatkowania jest obrót rozumiany jako kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usługi. Ustawodawca wskazał zatem, iż powyższa regulacja odnosi się jedynie do dotacji przedmiotowych. Stąd też dotacje przekazywane na pokrycie ogólnych, niezidentyfikowanych kosztów działalności nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Zwiększają natomiast obrót uzyskany z czynności, w stosunku do których nie przysługuje podatnikowi prawo do obniżenia kwoty podatku należnego zgodnie z cytowanym wyżej art. 90 ust. 7 ustawy o PTU.
Należy jednak wskazać, iż kwoty zwrotu podatku od towarów i usług otrzymane w roku 2003 r. na podstawie art. 14a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) nie miały charakteru dotacji, był to raczej przywilej podatkowy dla określonej grupy podatników, zatem kwoty te nie powinny być uwzględniane przy ustalaniu proporcji.