Tutejszy organ podatkowy informuje, iż w art. 157 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535), zapisano, że podatnicy zarejestrowani na podstawie art. 9 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.), na ostatni dzień przed dniem, o którym mowa w art. 176 pkt 2, czyli na siódmy dzień od dnia ogłoszenia ustawy - z wyłączeniem podatników wymienionych w art. 5 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. (czyli zakładów osoby prawnej), będą uważani za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT, z tym że podatnicy, którzy w zgłoszeniu rejestracyjnym, o którym mowa w art. 9 ust. 1 uprzedniej ustawy, zgłosili, że będą składać deklaracje podatkowe dla podatku od towarów i usług, zostaną uznani za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT czynni, a pozostali - za podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT zwolnieni, bez konieczności potwierdzania tego faktu przez naczelnika urzędu skarbowego.
Powyższych unormowań nie stosuje się jednak:

1) w przypadku gdy podatnik, który zgłosił, że będzie składał deklaracje podatkowe, nie składał takiej deklaracji za 6 kolejnych miesięcy lub za 2 kolejne kwartały - poprzedzające ostatni miesiąc przed wejściem w życie ustawy z dnia 11 marca 2004 r.;
2) w stosunku do zakładów (oddziałów) osoby prawnej, będących odrębnymi podatnikami w rozumieniu art. 5 ust. 2 uprzedniej ustawy, które w obecnej ustawie nie są już traktowani jako odrębni podatnicy.

Ponadto tutejszy organ podatkowy wskazuje, że zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. (Dz. U. Nr 54, poz. 535) w przypadku, gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2 jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
W myśl art. 87 ust. 2 zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 3, następuje na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego sprawdzenia, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego. Jeżeli przeprowadzone postępowanie wykaże zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty. Ponadto należy wskazać, iż w ust. 3 art. 87 obowiązującej ustawy postanowiono, iż różnica podatku podlegająca zwrotowi w kwocie przekraczającej wartość podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów lub usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, powiększonej o 22% obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi niż określona w art. 41 ust. 1 podlega zwrotowi w terminie 180 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej.
Zatem, jeżeli Spółka rozpoczęła wykonywanie czynności podlegających opodatkowaniu w 1998 r. i złożyła deklarację VAT-7 za miesiąc luty 2004 r. korzysta ze statusu podatnika VAT czynnego, uprawnionego do żądania w niektórych przypadkach zwrotu różnicy podatku w terminie krótszym niż 180 dni, bez konieczności wpłacania kaucji, w tym przypadku bowiem nie znajduje zastosowania przepis art. 97 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r.