Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.

Przepis art. 29 ust. 1 ustawy stanowi, iż podstawą opodatkowania jest obrót, z zastrzeżeniem ust. 2 – 22, art. 30 – 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży pomniejszona o kwotę podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy. Obrotem jest także otrzymana dotacja, subwencja i inna dopłata o podobnym charakterze związana z dostawą lub świadczeniem usług.

Oznacza to, iż podstawę opodatkowania stanowi w odniesieniu do świadczenia usług całe świadczenie, które za nie zostało otrzymane lub ma być za nie otrzymane przez lub usługodawcę, łącznie z dotacjami związanymi bezpośrednio z ceną tych transakcji (np. pokrycie ceny lub rekompensata z powodu obniżenia ceny). Tym samym w sytuacji, gdy Podatnik – w związku z konkretnym świadczeniem usług – otrzymuje od innego podmiotu jakiekolwiek dofinansowanie stanowiące dopłatę do ceny towaru lub usługi, tego rodzaju dofinansowanie stanowi obok ceny, uzupełniający ją element podstawy opodatkowania z tytułu tej dostawy lub świadczenia usług (dotacja przedmiotowa), zatem dofinansowanie takie zwiększy wówczas kwotę należną i zostanie opodatkowane stawką podatku od towarów i usług właściwą do opodatkowania dofinansowanego towaru lub usługi. Istotne zatem dla określenia, czy dane dotacje są czy też nie są opodatkowane, będą szczegółowe warunki ich przyznawania, określające cele realizowane w określonej formie dofinansowania.

Ponieważ Podatnik otrzymuje dotacje mające na celu wykonanie konkretnego świadczenia medycznego – występuje bezpośredni związek między otrzymaną dotacją a świadczoną usługą – dotacja przeznaczona na realizację programu szczepień ochronnych stanowi obrót w rozumieniu art. 29 ust. 1 ustawy.

Mając na uwadze powyższe, należy uznać, że stanowisko Podatnika nie jest właściwe, a więc otrzymywane dotacje, o których mowa wyżej stanowią obrót w rozumieniu art. 29 ust. 1 ustawy oraz podlegają opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Dodatkowo tutejszy urząd zauważa, że zgodnie z art. 43 ust. 1 pkt 1 ustawy zwalnia się od podatku usługi wymienione w załączniku nr 4. Jeśli więc świadczona usługa mieści się w katalogu usług wymienionych w załączniku nr 4 do ustawy, wówczas podlega zwolnieniu od podatku od towarów i usług.

Ponadto, przepis art. 19 ust. 21 ustawy, stanowi, iż obowiązek podatkowy z tytułu należnych na podstawie odrębnych przepisów dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze powstaje z chwilą uznania rachunku bankowego podatnika.