Zgodnie z art. 105 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) naczelnicy urzędów skarbowych dla celów związanych z rejestracją środków transportu są obowiązani do wydawania zaświadczeń potwierdzających:

1. uiszczenie przez podatnika podatku – w przypadkach, o których mowa w art. 103 ust. 3 i 4, lub,
2. brak obowiązku uiszczenia podatku z tytułu przywozu nabywanych z terytorium kraju pojazdów, które mają być dopuszczone do ruchu na terytorium kraju.

Zaświadczenie, o którym mowa w pkt 2 ust. 1 art. 105 ustawy, wydawane jest na wniosek zainteresowanego, który powinien zawierać w szczególności dane wymienione w ust. 2 art. 105 ustawy. Jednocześnie – zgodnie z ust. 3 powołanego artykułu - do powyższego wniosku winna być dołączona umowa lub faktura stwierdzająca nabycie pojazdu przez wnioskodawcę oraz inne dokumenty, z których jednoznacznie wynika, że nie zachodzi w tym przypadku wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów.
Jak wynika z zapytania, podatnik jest zarejestrowanym podatnikiem VAT UE i rozlicza zakup samochodów w ramach nabycia wewnatrzwspólnotowego. Tym samym – zgodnie z art. 105 ust. 3 wydanie zaświadczenia (VAT-25) potwierdzającego brak obowiązku uiszczania podatku od towarów i usług z tytułu nabycia środka transportu nie jest możliwe.
Zaświadczenie o którym mowa w pkt 1 ust. 1 art. 105 ustawy, tj. zaświadczenie o uiszczeniu przez podatnika podatku od towarów i usług, wydawane jest natomiast wyłącznie w dwóch sytuacjach, a mianowicie:

1. gdy w przypadku, o którym mowa w art. 99 ust. 9 i 10 ustawy, podatnicy są obowiązani, bez wezwania naczelnika urzędu skarbowego, do obliczenia i wpłacania podatku w terminie 14 dni od dnia powstania obowiązku podatkowego na rachunek urzędu skarbowego (art. 103 ust. 3 ustawy), oraz
2. gdy podatnik zobowiązany jest bez wezwania naczelnika urzędu skarbowego, do obliczenia i wpłacania podatku w terminie 14 dni od dnia powstania obowiązku podatkowego na rachunek urzędu skarbowego w związku z wewnątrzwspólnotowym nabyciem nowych środków transportu lub innych środków transportu, od których podatek jest rozliczany zgodnie z art. 99 ust. 1-3 lub 8 – jeżeli środek transportu ma być przez nabywcę zarejestrowany na terytorium kraju lub jeżeli nie podlega, a jest użytkowany na terytorium kraju (art. 103 ust. 4 ustawy).

Zatem podatnik podatku VAT, posiadający status podatnika VAT-UE, kupujący w ramach nabycia wewnątrzwspólnotowego używane środki transportu jako towar handlowy, przeznaczony do dalszej odsprzedaży, nie mający na celu zarejestrowania środka transportu na terytorium kraju, nie ma obowiązku zapłaty podatku w trybie z art. 103 ust. 3 i 4, a tym samym nie może otrzymać zaświadczenia potwierdzającego uiszczenie podatku od towarów i usług przewidzianego w art. 105 ust. 1 pkt 1 ustawy.
Reasumując, organ podatkowy nie może wydać zaświadczenia potwierdzającego brak obowiązku uiszczania podatku od towarów i usług z tytułu nabycia środka transportu, jak i zaświadczenia potwierdzającego fakt uiszczenia tego podatku, gdyż ww. zaświadczenia wymienione w art. 105 ustawy są wydawane jedynie w konkretnych przewidzianych przepisami prawa stanach faktycznych, które w przypadku podatnika nie występują.