Zgodnie z § 27a ust. 1, 2 i 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97 poz. 970 ze zmianami) zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług lub importu towarów i usług przysługuje również podmiotom, które przed dniem 1 maja 2004 r. zawarły z Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa umowy w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na Rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (Sapard) dotyczące refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięć w ramach tego programu. W przypadkach o których mowa wyżej podatek wskazany na fakturze lub dokumencie celnym podlega zwrotowi w części w jakiej przypada on na wartość netto (bez podatku) towarów lub usług objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej w rozliczeniu końcowym umowy, z tym że zwrotowi nie podlega podatek zaliczany do kosztów kwalifikowanych objętych refundacją ze środków Unii Europejskiej. Zwrot podatku przysługuje ww. podmiotom, spełniającym następujące warunki:

- w całości zapłaciły należność obejmującą podatek naliczony z tytułu dokonanego nabycia towarów lub usług oraz podmioty te posiadają oryginał faktury lub faktury korygującej, a w przypadku importu towarów – dokument stwierdzający zapłatę cła i podatków pobieranych przez organy celne;

- posiadają dokumenty bankowe potwierdzające przekazanie środków refundowanych w wykonaniu umowy o której mowa w ust. 1 § 27a;

- posiadają zaświadczenie wydane przez Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa:

o podpisaniu umowy o której mowa w ust. 1 § 27a, przed dniem 1 maja 2004 r.

zawierające określenie kwoty podatku, przypadającej na wartość netto (bez podatku) towarów i usług objętych dokonaną refundacją ze środków Unii Europejskiej, wyliczonej na podstawie faktur i dokumentów celnych, przyjętych do rozliczenia umowy, oraz wysokość udziału, w jakim ta kwota podatku i wartość towarów i usług zostały objęte refundacją ze środków Unii Europejskiej,

potwierdzające wysokość kwoty podatku objętego refundacją ze środków Unii Europejskiej w związku z zaliczeniem go do kosztów kwalifikowanych,

zawierające wyszczególnienie numerów, dat i nazw wystawców faktur lub dokumentów celnych, które były wystawione na rzecz podmiotów wymienionych w § 27a ust. 1 i stanowiły podstawę refundowania ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych.

W świetle cytowanych przepisów Stronie nie przysługuje zwrot podatku z tytułu nabycia towarów i usług w związku z zawartą w dniu 6 maja 2004 r. umową z oddziałem regionalnym Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa w ramach Specjalnego Programu Akcesyjnego na Rzecz Rozwoju Rolnictwa i Obszarów Wiejskich (Sapard) dotyczącej refundacji ze środków Unii Europejskiej części kosztów kwalifikowanych związanych z realizacją przedsięwzięcia w ramach tego programu, gdyż umowa ta zawarta została po dniu 1 maja 2004 r.

Ponadto brak jest też podstaw do odliczenia podatku naliczonego z tytułu zakupów związanych ze sprzedażą nie podlegającą opodatkowaniu, ponieważ zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w zakresie w jakim towary i usług są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Przekazanie ww. inwestycji przez Stronę będącą podatnikiem podatku od towarów i usług, która nie świadczy usług w zakresie rozprowadzania wody nie uprawnia więc do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego na podstawie ww. art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535).