Ad 1) Spółdzielnia prowadzi inwestycje – budowę budynku w celu ustanowienia spółdzielczych własnościowych praw do lokali mieszkalnych i użytkowych. Koszty pośrednie inwestycji (środków trwałych w budowie) były już ponoszone przed 01.05.2004 r., przed tą datą wnoszone były również zaliczkowe wkłady budowlane na podstawie umów rezerwacyjnych zawartych z osobami zainteresowanymi nabyciem praw do lokali. Do 01.05.2004 r. środki trwałe w budowie księgowane były w kwotach brutto wynikających z faktur (bez odliczania podatku VAT naliczonego). Od 01.05.2004 r. Spółdzielnia przyjmując zaliczki wkładów budowlanych przekazuje podatek VAT należny z tego tytułu. Zgodnie z art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się do nabywanych przez podatnika towarów i usług, jeżeli wydatki na ich nabycie nie mogłyby być zaliczane do kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów o podatku dochodowym, z wyjątkiem przypadków, gdy brak możliwości zaliczenia tych wydatków do kosztów uzyskania przychodów pozostaje w bezpośrednim związku ze zwolnieniem od podatku dochodowego. W art. 88 ust. 3 powołanej ustawy określono przypadki, kiedy, pomimo że dany wydatek nie mógłby zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodów, odstąpiono od pozbawienia podatnika prawa do odliczenia podatku poniesionego w związku z takim wydatkiem (art. 88 ust. 1 pkt 2). W przepisie art. 88 ust. 3 pkt 2 ww. ustawy stwierdzono, że daje prawo do dokonywania odliczeń podatku poniesienie, m.in. wydatków związanych z nabyciem towarów i usług zaliczanych u podatnika do środków trwałych nie podlegających amortyzacji, zgodnie z przepisami o podatku dochodowym, jeżeli fakt ten pozostaje w ścisłym związku ze zwolnieniem od tego podatku.

Ponieważ zgodnie z art. 16c pkt 2 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (j.t. Dz.U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 ze zm.) amortyzacji nie podlegają budynki, lokale, budowle i urządzenia zaliczane do spółdzielczych zasobów mieszkaniowych lub służących działalności społeczno-wychowawczej prowadzonej przez spółdzielnie mieszkaniowe – znajduje do nich zastosowanie wyłączenie z zakazu odliczania podatku naliczonego wyrażone w art. 88 ust. 3 pkt 2 ww. ustawy o podatku od towarów i usług – do 31.12.2004 r. Zgodnie bowiem z art. 17 ust. 1 pkt 4f updop, uchylonym od 01 stycznia 2004 r. lecz obowiązującym do końca bieżącego roku na podstawie art. 5 ust. 1 ustawy z dnia 12 listopada 2003 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. Nr 202, poz. 1957) – zwolnione są od podatku dochodowego od osób prawnych dochody spółdzielni mieszkaniowych uzyskane z gospodarki zasobami mieszkaniowymi i z innych źródeł przychodów – w części przeznaczonej na cele związane z utrzymaniem zasobów mieszkaniowych i inne cele statutowe, z wyjątkiem działalności gospodarczej.

Zatem w przypadku gdy mamy do czynienia z wydatkami związanymi z nabyciem towarów, którymi są budynki, lokale, budowle i urządzenia zaliczane do spółdzielczych zasobów mieszkaniowych zaliczanymi w spółdzielni mieszkaniowej do środków trwałych nie podlegających amortyzacji (art. 16c pkt 2 updop), a fakt ten pozostaje w ścisłym związku ze zwolnieniem od tego podatku – z uwagi na art. 17 ust. 1 pkt 4f updop – do końca bieżącego roku nie ma przeszkód wynikających z art. 88 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT do dokonywania odliczeń podatku naliczonego od wydatków związanych z nabyciem środków trwałych – budynków.

Ad 2) Spółdzielnia będzie dokonywała końcowego rozliczenia zadań inwestycyjnych dla których spółdzielcze własnościowe prawa do lokali zostały ustanowione przed 01.05.2004 r. Przed tą datą zostały dokonane zaliczkowe wpłaty wkładów budowlanych. W przypadku końcowego rozliczenia zadania może wystąpić niedopłata lub nadpłata wkładu budowlanego. Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) – zwanej dalej ustawą, opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlega odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Natomiast stosowanie do art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy przez dostawę towarów, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel, w tym również ustanowienie na rzecz członka spółdzielni mieszkaniowej odrębnej własności lokalu mieszkalnego lub lokalu o innym przeznaczeniu. Art. 19 ust. 13 pkt 10 ustawy stanowi, iż obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części wkładu budowlanego, nie później niż z chwilą ustanowienia odrębnej własności lokalu mieszkalnego lub o innym przeznaczeniu. W świetle art. 29 ust. 1, 6 i 7 ustawy podstawą opodatkowania jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. W przypadku czynności, o których mowa w art. 19 ust. 13 pkt 10, jako kwotę należną przyjmuje się wartość należnego wkładu budowlanego, pomniejszoną o kwotę należnego podatku. Do podstawy opodatkowania wlicza się również inne opłaty wnoszone przez członków spółdzielni, które nie są wkładami budowlanymi, wynikające z uczestnictwa członków spółdzielni w zobowiązaniach spółdzielni związanych z budową lub wynikające z ostatecznego rozliczenia kosztów budowy – zgodnie z postanowieniami statutu. W myśl art. 153 ustawy do podstawy opodatkowania, o której mowa w art. 29 ust. 6 i 7, nie wlicza się wartości wkładów i opłat, o których mowa w tym przepisie, oraz części tych wkładów i opłat wniesionych przed 1 maja 2004 r. Zatem, jeśli w wyniku ostatecznego rozliczenia kosztów budowy wystąpi niedopłata wkładu budowlanego, to zgodnie z obowiązującymi przepisami będzie ona podlegała opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług.

Nadpłata wkładu budowlanego nie podlega opodatkowaniu VAT (art. 153 ustawy), należy traktować ją jako rozrachunki z osobami, którym przysługują spółdzielcze własnościowe prawa do lokali.

Ad 3) Spółdzielnia posiada wolne lokale użytkowe o statusie własnościowego prawa do lokalu, na które nie zostały wniesione jeszcze wkłady budowlane. Podatek VAT zawarty w fakturach dotyczących budowy środków trwałych nie został odliczany – koszty budowy tych środków zawierają podatek VAT. Z przepisów ustawy o podatku od towarów i usług (art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1 pkt 5) wynika, że ustanowienie przez spółdzielnię tytułu prawnego do lokalu po dniu 1 maja 2004 r. podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, jeżeli umowa o ustanowienie spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu użytkowego zostanie zawarta po 1 maja 2004 r., to będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem VAT od należności wpłaconych po dniu 1 maja 2004 r., bowiem zgodnie z art. 153 ust. 1 ustawy do podstawy opodatkowania, o której mowa w art. 29 ust. 6 i 7, nie wlicza się wartości wkładów i opłat, wniesionych przed dniem 1 maja 2004 r.

W przypadku ustanowienia własnościowych praw do lokali (użytkowych) i wnoszenia wkładów budowlanych obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części wkładu budowlanego, nie później niż z chwilą ustanowienia odrębnej własności lokalu.