Zgodnie z art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535) podstawą opodatkowania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów jest kwota, jaką nabywający jest obowiązany zapłacić.

Podstawa opodatkowania, o której mowa w art. 31 ust.1, obejmuje:
1) podatki, cła, opłaty i inne należności płacone w związku z nabyciem towarów;
2) wydatki dodatkowe, takie jak prowizje, koszty opakowania, transportu oraz ubezpieczenia, pobierane przez dostawcę od podmiotu dokonującego wewnątrzwspólnotowego nabycia
- o czym stanowi art. 31 ust.2 ustawy.

Z wyżej cytowanego przepisu wynika, iż koszty transportu zwiększają podstawę opodatkowania wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów jedynie w sytuacji, gdy są one pobierane przez dostawcę od podmiotu dokonującego wewnątrzwspólnotowego nabycia.Ze stanu faktycznego przedstawionego w zapytaniu wynika, iż to Spółka czyli nabywca, a nie dostawca wynajmuje polską firmę transportową, zatem te koszty transportu nie będą podlegały wliczeniu do podstawy opodatkowania podatkiem VAT.

Ponadto organ podatkowy nie podziela stanowiska Spółki zawartego w zapytaniu, że pod pojęciem „inne należności” zawartym w art. 31 ust. 2 pkt 1 ustawy o VAT mieszczą się koszty transportu, albowiem w art. 31 ust.2 pkt 2 tej ustawy wymienione zostały wydatki dodatkowe takie jak koszty transportu.