Warunki otrzymania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zostały uregulowane w art. 87 ustawy z dnia 11 marca 2004r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ). Ust. 2 tego artykułu stanowi, iż zwrot różnicy podatku następuje na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju pod wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika (...). Różnica podatku podlegająca zwrotowi w kwocie przekraczającej wartość podatku naliczonego związanego z nabyciem towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, powiększonej o 22% obrotu podatnika opodatkowanego stawkami niższymi niż określona w art. 41 ust. 1 podlega zwrotowi w terminie 180 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej.

Przepisy zawarte w art. 87 nie przesądzają o braku możliwości zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, jeżeli podmiot gospodarczy w momencie złożenia rozliczenia w ustawowym terminie był podatnikiem, a następnie już po złożeniu zeznania zaprzestał prowadzenia działalności i został wykreślony z rejestru. Zatem, skoro Spółka nabyła prawo do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w momencie, gdy była podatnikiem podatku VAT, to fakt zakończenia działalności przed terminem zwrotu nie może jej tego prawa pozbawić. Ważnym jest bowiem stan faktyczny - w tym przypadku status podatnika VAT - w chwili składania deklaracji podatkowej, a nie w momencie, gdy przypada termin zwrotu, wynikający z wyżej przytoczonych przepisów. Skutki prawno-podatkowe, wynikające z zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu, powstają z chwilą wykreślenia podatnika z rejestru, które następuje z datą faktycznego zaprzestania tych czynności

Z powyższego wynika, że podatnik, który w dacie złożenia prawidłowego rozliczenia podatkowego był zarejestrowanym podatnikiem, nie traci prawa do zwrotu wykazanej w rozliczeniu różnicy podatku naliczonego nad należnym, mimo iż po złożeniu deklaracji został wykreślony z rejestru, o którym mowa w art. 96 ustawy. Jednakże, jak już podkreślono wyżej zwrot, zwrot podatku może zostać dokonany wyłącznie na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju pod wskazanym w zgłoszeniu identyfikacyjnym

Ponadto, organ podatkowy zwraca uwagę na konieczność odprowadzenia podatku należnego od towarów, które po nabyciu nie były przedmiotem dostawy ( inwentura końcowa ), w związku z dyspozycjami zawartymi w art. 14 cytowanej wyżej ustawy.