Zgodnie z przedstawionym stanem faktyczny siedziba Zarządu Spółki oraz jej biura znajdują się na terytorium Polski. Oprócz tego Spółka prowadzi działalność gospodarczą na terenie Niemiec, gdzie otworzono zakład samobilansujący się. Działalność Spółki na terenie Niemiec w ramach ww. zakładu podlega opodatkowaniu wg prawa niemieckiego. Spółka nie uzyskuje w Polsce przychodów, ponosi natomiast koszty związane z funkcjonowaniem zarządu oraz prowadzeniem biura znajdującego się w Polsce. Do dnia 30.04.2004 r. Spółka odliczała podatek naliczony od zakupów związanych z prowadzeniem biura w kraju od podatku należnego, a nadwyżkę podatku naliczanego nad należnym wykazywano jako kwotę do zwrotu na rachunek bankowy. Podatek należny naliczany był tylko od obrotów związanych z reprezentacją i reklamą Spółki (faktury wewnętrzne) Sprzedaż zrealizowana w Niemczech wykazywano jako „sprzedaż traktowaną jako eksport, opodatkowaną stawką 0%”. Spółka uważa, że na mocy art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług w dalszym ciągu istnieje możliwość obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, a w nawiązaniu do art. 42 ust. 1 oraz 87 ust. 1 Spółka nabywa uprawnienia do zwrotu nadwyżki podatku naliczonego na rachunek bankowy.
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535), w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 ustawy, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Kwotę podatku naliczonego stanowi min. suma kwot podatku określona w fakturach otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług. W obowiązującym stanie prawnym nie występuje już „eksport usług”, niemniej jednak ustawodawca przewidział możliwość odzyskania przez podatnika podatku naliczonego. Na mocy bowiem przepisu art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy, podatnik ma również prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, jeżeli nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami. Kwota różnicy podatku naliczonego nad należnym podlega zwrotowi w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika. Na umotywowany wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową, kwota podlegająca zwrotowi ulega podwyższeniu, jeżeli podwyższenie tej kwoty jest uzasadnione kwotą podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy (art. 87 ust. 4 pkt 2).
W tej sytuacji w składanej deklaracji VAT-7 (lub VAT-7K) podatnik nie wykazuje sprzedaży realizowanej na terytorium Niemiec przez położony tam zakład. Podatnik nie wykazuje obrotów zakładu położonego w Niemczech również w polskiej deklaracji podsumowującej. W deklaracji podatkowej należy jedynie wykazać kwotę podatku naliczonego, wynikającego z faktur zakupu towarów lub usług, jeżeli nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju.
Jeżeli podatnik w okresie rozliczeniowym importował lub nabywał towary i usługi związane z czynnościami wykonywanymi przez niego poza granicami kraju i posiada dokumenty, z których ten związek wynika, w składanej deklaracji zaznacza w poz. 56 kwadrat Nr 1. W tej sytuacji – jeżeli podatnik dokonywał dostawy towarów lub świadczył usługi poza terytorium kraju i nie dokonywał sprzedaży opodatkowanej – zaznacza w poz. 59 kwadrat Nr 1, oznaczony „tak”, wnioskując w ten sposób o zwrot podatku.